在歐洲歷史上，一般來說，「中世紀」指公元5世紀到15世紀，自西羅馬帝國的崩潰到文藝復興運動和大航海時代之間的時期。按照西方傳統，歐洲歷史可以分為「古典時代」、「中世紀」和「近現代」三個階段。
在古典時代， 屋大維擊敗安東尼之後，勝利的屋大維統一羅馬。當時帝國充斥著各種地方文化，這被稱作羅馬化。當東方的希臘文化碰上了西方的拉丁文化產生了融合，影響了政治、軍事的發展，最後帝國的分治也是因此劃分。
中世紀的前期，人口減少、城市衰落、外敵入侵、大眾遷移等現象持續進行。後來日耳曼的蠻族入侵，並在曾是西羅馬帝國的領土上建立了民族國家。
在7世紀，曾是東羅馬帝國領地的北非和中東被伊斯蘭化的阿拉伯帝國所占領。儘管此時在社會與政治結構上有著顯著的變化，但中世紀與古代時期的分別尚未完全形成。廣闊的拜占庭帝國此時依然存活，並且成為一個強大的國家。
公元1070年，拜占庭帝國的查士丁尼法典在北義大利被重新發現， 這部法典在公元438年於皇帝查士丁尼（統治時間527–565）治下完成，又稱《民法大全》（Corpus Juris Civilis）。
後來查士丁尼命令貝利撒留（Belisarius）從汪達爾人和東哥特人手中奪回了北非和義大利。
不過由於542年爆發的查士丁尼大瘟疫迫使查士丁尼在其餘下的統治時期將戰略將征服趨向防守。
查士丁尼大瘟疫是公元541至542年折磨著拜占庭帝國，包括首都君士坦丁堡的大瘟疫。關於導致瘟疫發生的疾病，最廣為接受的是鼠疫桿菌。大瘟疫五次爆發：公元541–544，557–558，572–574，590，599。其中第一次爆發導致了1/3人口死亡，帝國人口由約4000萬下降到2600萬，君士坦丁堡40%的城市的居民死亡。547–548爆發動物流行病，畜牧業受到致命打擊。從南極與格陵蘭的冰芯取樣重建的氣候演化證據表明，超級火山噴發造成的公元535–536年氣候極端事件，導致了持續多年的火山冬天，全球農業生產崩潰、饑饉肆虐，從而瘟疫流行性大暴發。 最可能的超級火山是拉包爾火山或者伊洛潘戈湖火山。據估計查士丁尼大瘟疫使全世界兩千五百萬人喪生。它使541年至700年間的歐洲人口減少約50%，可能也是阿拉伯人征服成功的原因之一
伊斯蘭的興起
伊斯蘭教和基督教都源自猶太教，但兩者都發揚光大且成為世界性的宗教。
伊斯蘭教認為耶穌只是先知之一，而最後一位先知穆罕默德才是最偉大的先知。
40歲的穆罕默德在公元610年開始透露他接收到相信是來自真主、經天使加百列（賈布里勒）傳達的天啟，一直持續到他在22年後逝世。穆罕默德的同伴們記錄下的這些天啟就形成了《可蘭經》的內容。
經歷12年被麥加人迫害的生活及麥加對哈希姆系的杯葛之後，穆罕默德及他的親人、穆斯林決定出走，在622年遷移到麥地那（舊稱雅茲里布）。穆罕默德與遷移到麥地那的穆斯林（遷士）及改信伊斯蘭教的麥地那人（輔士）在那裡建立了政治及宗教實體。穆罕默德又草擬了麥地那憲章，落實麥地那穆斯林、猶太人、基督徒及異教徒社群的權利和責任，並把他們融合為一個社群，稱為烏瑪。憲章保障宗教自由及婦女的安全，賦予麥地那聖地的地位、制定了對內施政及對外防衛所需的稅收體系及解決爭議所需的司法體系。
公元是624年的白德爾戰役穆斯林獲得勝利。麥加人為了復仇在一年後進軍麥地那，雙方在伍侯德戰役裡交戰，雖然麥加人獲勝，但他們無力攻取麥地那。
其他阿拉伯地區的部族組成聯盟，並在壕溝之戰裡圍攻麥地那，意圖消滅伊斯蘭教。麥加與穆斯林在628年簽訂侯代比亞和約，和約列明穆罕默德要退回投奔他的麥加人。不過，在和約簽訂之後有更多的麥加人改信伊斯蘭教，並遷出麥加，切斷麥加的貿易路線。穆罕默德在629年幾乎兵不血刃地征服麥加，並在632年逝世之前統合各個阿拉伯部落皈依伊斯蘭教。
穆罕默德在632年逝世之後繼承權有分歧，後來阿布·伯克爾成為了首任哈里發。在他的統治之下，穆斯林鎮壓了阿拉伯部落策動的里達暴動（又稱叛教戰爭），又把勢力延伸至敘利亞及伊拉克。伯克爾又接納穆罕默德另一位重要夥伴歐麥爾的建議，把《可蘭經》編纂成書。
阿布·伯克爾在634年逝世，由歐麥爾、奧斯曼·本·阿凡、阿里、哈桑·本·阿里·本·阿比·塔利卜相繼繼位，他們被統稱為四大哈里發，在他們的管治下，穆斯林軍隊征服了波斯、敘利亞、亞美尼亞、埃及及北非部分地區。
歐麥爾在644年被波斯人刺殺，奧斯曼被推選成為哈里發，但過程受到更大的阻力。奧斯曼制訂了《可蘭經》的標準版本，並發送至全國各地。656年，奧斯曼亦遇刺，阿里成為哈里發。在與敵對勢力爆發了第一次穆斯林內戰後，阿里在661年被哈瓦立及派刺殺。此後，奧斯曼的表親、不承認阿里為哈里發的穆阿威葉掌權，創建倭馬亞王朝。
宗教及政治領導權的爭端引起穆斯林社會的分裂。多數穆斯林都承認在阿里之前的三位哈里發是合法的，他們就是遜尼派。少數穆斯林不認同這一觀點，他們認為阿里及他的後裔才應該是統治者，這類穆斯林被稱為什葉派。穆阿威葉在680年逝世後，繼承問題的爭論再度引發內戰，是為第二次穆斯林內戰。
伊斯蘭教軍隊征服了波斯和大半東羅馬帝國，在634–635年開始征服敘利亞，640–641年到達埃及，637–642年征服波斯，在之後的七世紀征服北非，在711年征服伊比利亞半島。在714年，伊斯蘭教軍隊控制了大部分伊比利亞半島，他們稱之為安達盧斯。
伊斯蘭征服在八世紀中期達到頂峰。後來在732年圖爾戰役中法蘭克人擊敗穆斯林取回了法蘭西南部的土地。
歐洲伊斯蘭教成長的終止主要是因為倭馬亞王朝的覆滅以及阿拔斯王朝的興起。阿拔斯王朝將其政治中心遷至巴格達，因此較中東而言更接近歐洲，但也失去了對部分穆斯林土地的控制。倭馬亞的後代繼承了伊比利亞半島，阿格拉比王朝控制了北非，突倫王朝成為埃及的統治者。8世紀中葉，地中海周邊出現了新的貿易方式：法蘭克人和阿拉伯人之間的貿易取代了之前的羅馬經濟。法蘭克人用木材，毛皮，劍和奴隸換取絲綢和其他紡織品，香料和出自阿拉伯人的貴金屬。
伊斯蘭的貢獻
在阿拔斯王朝，許多外國的波斯文獻都被轉譯成阿拉伯文，又興建了大型的圖書館，歡迎來自拜占庭帝國那些被迫害的學者。在泰西封（今麥達因）更有一所御用的圖書館，在穆斯林征服波斯期間，許多作品都在根迪沙普爾學院（Academy of Gundishapur）被翻譯。
750年，阿拔斯王朝取締倭馬亞王朝成為伊斯蘭帝國的統治者。762年，曼蘇爾建造巴格達，並以為新都（前首都是大馬士革）。阿拔斯王朝對波斯帶有強烈的愛好，採納了許多薩珊王朝的習俗，包括翻譯外國文獻，阿拔斯王朝時文獻被轉譯為阿拉伯文。為此，曼蘇爾仿照薩珊帝國圖書館建立了一所王室圖書館。
智慧之家原本只著重於翻譯及保存波斯文文獻，接著就將翻譯的範圍擴展至帕拉維文、敍利亞文、希臘文及梵文。占星學、數學、農業、醫學及哲學的文獻書籍因此而被翻譯。
巴爾馬克家族對接踵而至的復興及保存波斯文化運動起著重要的作用，巴格達第一所造紙廠的建立亦歸功於這個家族。阿拉伯人從怛羅斯戰役的中國戰俘那裡得悉秘密的造紙術，在此前，抄寫員都使用莎草紙（易碎）或羊皮紙（昂貴）。紙張的引入使書籍及圖書館紛紛湧現。
館藏目錄的理念亦在智慧之家及一些中世紀的伊斯蘭圖書館推行，書籍被劃分為不同的類型和範疇。
大量的文具店支持著圖書館的運作，這些文具店的數量倍於書店，最大型的書店可日售千書，要有充裕的紙張方可支撐著這個產業。
在哈里發馬蒙的資助下，智慧之家翻譯的範疇擴展至數學及占星學，重點也由翻譯波斯文文獻轉為翻譯希臘文文獻。
這時，智慧之家由詩人及占星家塞赫勒·伊本-哈倫（Sahl ibn-Harun）管理，其他與智慧之家有密切關係的有花剌子密、巴努·穆薩兄弟及肯迪。
馬蒙任命侯奈因·伊本·伊斯哈格（Hunayn ibn Ishaq）負責翻譯工作，當時聲名最顯赫的譯者是信奉薩比教的塔比·伊本·庫拉（Thābit ibn Qurra）。這個時期的翻譯素質更勝以往，但是在此後，一些新的想法變得更為重要，使對翻譯的強調減弱。
智慧之家在馬蒙的繼任者穆阿台綏姆及瓦提克治下持續繁衍，但到穆塔瓦基勒統治時期始衰落。這主要是因為馬蒙、穆阿台綏姆及瓦提克都依循穆爾太齊賴派，而穆塔瓦基勒則依循正統伊斯蘭教，穆塔瓦基勒試圖停止希臘哲學的散播，希臘哲學正是穆爾太齊賴派的重要一環。
雖然當時並未有大學，智慧之家終究成為了學習的中心，當時傳授知識並沒有任何制度，由教師直接傳授予學生。在九世紀，城市裡開始出現伊斯蘭學校。在十一世紀，尼查姆·穆爾克 創立了被視為第一所大學的巴格達尼查姆大學（Al-Nizamiyya of Baghdad），該大學還是「中世紀時最大型的大學」。
於是在亞歷山大圖書館被焚毀的一部分希臘典籍，被伊斯蘭人保存了下來，後來還傳回歐洲，成為文藝復興的重要資產。
另外、後來在14世紀初，蘇非商人把伊斯蘭教帶進東南亞，並在隨後的兩個世紀傳播到蘇門答臘及印尼東部。伊斯蘭教亦傳播到中亞突厥人及蒙古人的原居地，成為幾乎所有突厥語族人的宗教。除了經由陸路東抵中國西部的新疆，伊斯蘭教又透過廣州等港口從海路傳入中國，最早具傳統中國特色的清真寺仍然屹立在廣州。馬里在15世紀有一個興盛的穆斯林王國，伊斯蘭教在大部分西非地區落地生根，遍及薩赫勒、尼日河沿岸及當今的奈及利亞。阿拉伯的穆斯林部落亦在14世紀遷居至蘇丹，當地的努比亞人亦逐漸轉信伊斯蘭教。
貿易的衰弱
四，五世紀的遷徙和入侵打亂了地中海地區的貿易網絡。非洲的商品停止進口到歐洲，這種現象始於內陸，到七世紀只在羅馬或那不勒斯這幾個城市發現了非洲的商品。到了七世紀末，在穆斯林征服的影響下，西歐地區再也沒有發現非洲的產品。用本地產品進行長距離貿易是在中世紀初就遍及古老羅馬土地的一種趨勢。這種趨勢特別體現在遠離地中海的土地上，像高盧或英國北部。考古記錄中出現的非本地商品通常是奢侈品。而在歐洲北部，不僅是當地的貿易網絡，而且運送的貨物也很簡單，只有陶器和其他一些複雜的產品。在地中海周圍，陶器仍然普遍存在，似乎已在中程的貿易網絡上交易過，而不僅僅是在當地生產。
諸多西歐日耳曼國家都有仿製已有的羅馬和拜占庭式的鑄幣。金幣鑄造持續到七世紀末，之後被銀幣取代。基本的法蘭克銀幣是迪納厄斯或法制迪納爾，而盎格魯撒克遜版本的銀幣則叫做便士。從這些地區來看，第納爾或者便士在8至11世紀遍及整個歐洲。銅幣（copper）或青銅幣（bronze coins）沒有廢棄，南歐以外的金幣也是如此。沒有鑄造多個單位結算的銀幣。
日耳曼國家的形成
日耳曼人是一些語言、文化和習俗相近的民族（部落社會）的總稱。這些民族從西元前2千年到約4世紀生活在歐洲北部和中部。在五世紀時的民族大遷徙使日耳曼人各自生活，分別成為現今的斯堪地那維亞民族、盎格魯薩克遜人、弗里斯蘭人和德意志人、奧地利人、東普魯士人。
自古日耳曼人是羅馬人等其他族群對他們的稱呼，在他們的漫長歷史中，可能也沒有將自己看作是同一個民族。但是這些日耳曼人從北方逐漸進入歐洲心臟地帶，最後卻成為歐洲的祖先。
法蘭克王國
作為日耳曼人一支的法蘭克人，在486年打敗高盧軍隊，由克洛維建立起墨洛溫王朝的統治。克洛維通過和羅馬教廷的聯合，占領了羅馬帝國在高盧的全部領土。隨著法蘭克王國的不斷擴張，到了6世紀中葉，征服了勃艮第、圖林根、巴伐利亞和薩克遜的一些部落，成為當時西歐最強大的國家，並建立了封建采邑制。
751年，宮相矮子丕平成為法蘭克國王，建立了加洛林王朝。在查理大帝統治期間國力達到鼎盛，吞併了倫巴底王國，奪取西班牙邊區，占領東巴伐利亞，征服阿瓦爾汗國，西歐的大部分土地都成為了法蘭克王國的領土。
查理大帝死後，法蘭克王國因發生兄弟戰爭而分裂，在843年8月簽訂《凡爾登條約》把法蘭克王國分成中法蘭克王國、西法蘭克王國及東法蘭克王國三部。855年，控制中法蘭克王國的洛泰爾去世，他的三個子嗣，再次把中法蘭克王國分為三份，分別是北部的洛林和普羅旺斯及南部的義大利，而他們亦各自管理自己的領地。可是，管理北部兩片領地的兒子相繼在863年及869年去世，這使得西法蘭克及東法蘭克的君主共同把中法蘭克王國瓜分。最後，西法蘭克及東法蘭克瓜分了洛林及普羅旺斯兩地，而義大利則繼續維持現狀。由於這條條約在今日荷蘭的墨爾森（Meerssen）簽署，因而得名。
後來西法蘭克王國演變成了法蘭西王國，並加強了王權，羅馬教廷被迫遷往法國南部的阿維農，並自上而下召開三級會議（一級為高級教士，二級為貴族，三級為富裕的市民），也形成了議會君主制。
英格蘭
日耳曼人的另外一支盎格魯人、薩克遜人、朱特人在5世紀中葉進入不列顛群島。在6世紀末7世紀初，形成了7個王國，英國歷史上稱為七國時代。
829年，威塞克斯王國吞併了其他6個王國，從此誕生了英格蘭。1066年，法國諾曼第公爵威廉以親屬關係要求繼承王位，遭到拒絕後，以武力奪取了英王之位，稱為「征服者威廉」（即威廉一世，史稱諾曼征服，建立了諾曼第王朝，但是這也造成了日後百年戰爭的根源。
在亨利一世（1100年－1135年）統治時期，隨著王權的加強，社會矛盾激化。1215年無地王約翰被迫簽署《自由大憲章》。1264年的內戰期間，亨利三世被西蒙·德·孟福爾俘虜。1265年孟福爾召集國會，成為英國議會的開端。從1343年起，國會分成了由貴族組成的上院和代表騎士、市民的下院，確立了議會君主制。
羅馬教皇
羅馬教皇為了保持自己的獨立地位，建立了教皇國，並且偽造了《君士坦丁贈禮》文件，聲稱當年君士坦丁大帝把羅馬城，拉特蘭宮等地交給了教皇。
教會統治非常嚴厲，並且控制了西歐的文化教育。教士不能結婚，主張禁慾，要求人們將一切獻給上帝，只有這樣，死後才能升入天堂，另一方面聖職買賣現象又很嚴重。宣揚三位一體、原罪說等經院哲學，嚴格控制科學思想的傳播，並設立宗教裁判所懲罰異端，學校教育也都是為了服務於神學。在教皇格里高利一世（590年－604年）時期，古羅馬圖書館也被付之一炬。
基督教與伊斯蘭的衝突
從第一世紀開始，創始於羅馬帝國境內猶太省（今以色列、巴勒斯坦地區）的基督教迅速傳遍羅馬帝國。4世紀時的基督教已是羅馬帝國的最大宗教，313年米蘭敕令使之合法化，並在380年時狄奧多西大帝任內成為為羅馬帝國的國教。在隨後的幾個世紀，耶路撒冷、巴勒斯坦和敘利亞地區都處於羅馬帝國及其分裂後的拜占庭帝國境內，基督徒在聖地占據壓倒性優勢
7世紀，伊斯蘭教在阿拉伯半島興起，先知穆罕默德的後繼者 — — 四大哈里發時期的穆斯林們迅速向阿拉伯半島以外的地區擴張，中東的歷史格局從此發生巨變。
而此時拜占廷帝國和波斯的薩珊帝國因彼此的連年戰爭而筋疲力竭，人民厭戰，新興的穆斯林從中得利，獲取民心。穆斯林在636年的約旦擊敗拜占廷軍隊，並於638年占領了聖地耶路撒冷穆斯林稱為古都斯。在7世紀的剩餘時間裡，阿拉伯人不可阻擋地向北方和西方驅進。阿拉伯軍隊於711年渡過直布羅陀海峽，並擊敗了西哥特人；次年擴張至伊比利亞半島中部（今西班牙）；到8世紀30年代，在歐洲西面，以北非柏柏爾人為主的穆斯林征服者挺進到法蘭克王國的心臟地帶，卻在732年的圖爾戰役中被查理·馬特挫敗，其在西歐的擴張步伐遂被遏止。
而在東面，717年 — 718年君士坦丁堡重挫了烏邁耶王朝阿拉伯人的圍攻，到9世紀時西西里島和許多其他地中海島嶼已被阿拉伯人奪取。
在這場征服風暴過去後的時期，尤其是在阿拔斯王朝時代，在耶路撒冷有奧米耶朝所建立的年集市，吸引了大批西歐商人和朝聖者。在《聖阿丹南傳》里，對下列情況表示驚訝：「來自各國的無數商人群眾，常聚集於耶路撒冷來互相進行買賣。」在869年耶路撒冷主教狄奧多西寫給君士坦丁堡的同僚的信里，讚揚了薩拉森人的寬大政策，因為基督徒可以建造教堂並依照他們自己的法律過活。10世紀，拜占庭收復了周邊一些失地，但未占領耶路撒冷。
909年，伊斯蘭教什葉派首領在突尼西亞以法蒂瑪和阿里的後裔自居，自稱哈里發，是為法蒂瑪王朝（中國史書稱「綠衣大食」），建都馬赫迪亞（969年遷至開羅）。1009年，西方對穆斯林態度發生了巨變，日後聖地的統治權在十字軍出現前反覆在什葉派（開羅）和遜尼派（巴格達）政權之間交替。這一年， 第六任埃及法蒂瑪王朝哈里發暴君哈基姆下令摧毀包括聖墓教堂在內的所有耶路撒冷基督教堂和猶太會堂，加深了對非穆斯林的迫害。基督教徒到耶路撒冷朝聖的路被封，在近東，朝聖者受新入主西亞的突厥奴隸軍人穆斯林侮辱的消息傳至西歐，基督教與伊斯蘭教互相對立氣氛更加嚴重。
1039年，在埃及，哈基姆的繼任者收受了一定的財物後允許拜占庭重建聖墓教堂，雙方關係再次和平。隨後，朝聖者被允許往來於聖地，同時突厥穆斯林統治者們也認識到朝聖者之於增加財源的重要性。因此，對異教的迫害中止。然而，破壞畢竟已經造成，而後來的塞爾柱人（另一支入主西亞的突厥人）加劇了基督教世界的擔憂。
塞爾柱人原是突厥烏古斯部落聯盟的一支，居於中亞吉爾吉斯草原，以其酋長塞爾柱命名。1037年，日益強盛的塞爾柱人建立王朝。1055年，塞爾柱王朝推翻白益王朝，控制了巴格達的哈里發政權。塞爾柱帝國的擴張引發了與拜占庭帝國和法蒂瑪王朝在中東地區的利益衝突，其中1071年在曼齊刻爾特一役中拜占庭的慘敗，以及1073年（一說1076年）耶路撒冷為塞爾柱人所占領，對十字軍東征產生了刺激作用。
1071年，塞爾柱帝國在曼齊刻爾特戰役中大勝拜占庭帝國軍隊，結果使拜占庭喪失了大半的國土，其版圖只限於巴爾幹半島一隅和安納托利亞西北角。君士坦丁堡方面面臨重重威脅，不得不尋求西方的軍事援助。作為對曼齊刻爾特局勢的回應，1074年教皇格里高利七世發出名為「上帝的士兵」（milites Christi）呼籲，而這常常為當時的西歐所忽視。
後來教皇烏爾巴諾二世在1095年11月在義大利皮亞琴察召開宗教會議 (史稱《克萊芒會議》)，正好東正教的拜占庭皇帝派來特使在會議上痛陳突厥人西侵的壓迫，於是教皇在會議上疾呼西歐應收復聖地並解救同為基督教兄弟的危難，但對抗強大的穆斯林勢力必須有更多的團結勢力，於是教皇在同年12月冬天在法國克萊芒召開更大的基督教會議發表演說以號召更多響應者，此次參與會議多達數萬人並且包含了各地大主教與封建貴族騎士與平民，造成貴族與平民間熱烈響應，並且確立以十字記號為軍隊徽幟，制訂大量徽章大量發放，十字軍的名稱由此而來。
隨著伊斯蘭教的興起，為了對抗伊斯蘭教不斷的武力擴張，並為光復聖地之一的耶路撒冷，天主教國家在教宗的呼籲下前後發起了八次十字軍東征。
十字軍東征
第一次十字軍在教皇烏爾巴諾二世的指導下，加之對經濟和精神特權的憧憬，西歐許多社會階層都躍躍欲試，指望在十字軍東征中能夠碰到好運氣，改變自己的處境。第一次十字軍空前需要現款，這導致了經濟社會一度混亂。許多主教、貴族，甚至農民拿出了窖藏多年甚至百年的貨幣，法蘭克帝國瓦解和早期封建割據的局面可見一斑。不少貴族、自由人為踏上征途而千方百計獲取裝備、物資和現款，包括出售不動產、掠奪猶太人等等。
教皇委派一批正式傳教士到歐洲各地向騎士階層宣傳十字軍運動，預定於1096年8月由歐洲武裝騎士組成部隊出發。然而，有一些自告奮勇的狂熱宣傳分子同時鼓動了下層貧民。這些被鼓動的貧民或來自於領主的農民和僕役，或有城市流民、亡命之人等等，他們或許不知道十字軍的宣傳意義，但他們知道要擺脫目前的困頓和窘況。1096年3月，在「隱士」彼得和沃爾特·桑薩瓦爾的率領下，這些平民迫不及待地自行組織出發了，即平民十字軍。
這群「軍隊」似乎不是前去作戰，去同基督教的敵人搏鬥，而更像是舉家移民。「他們以牛羊當作馬用，沿途拖著雙輪小車，車上堆著破碎的行李和孩子們，每經過一個堡壘或城鎮，孩子們伸手問道，『這是耶路撒冷嗎？』。」這隻看似可憐的隊伍，卻漫無紀律，沿途殘忍地進行劫掠和屠戮，許多猶太人、匈牙利人等在他們眼中看起來像「異教徒」的人都慘死在他們手下，但他們本身損傷慘重，疾病、鬥毆和貧困讓這支隊伍漸趨萎靡。在死去過半人的情況下，平民十字軍到達君士坦丁堡，又被君士坦丁堡的皇帝打發到小亞細亞迎戰精銳的突厥人，幾乎全軍覆沒。 1096年秋天，由武裝貴族和騎士組成的正規十字軍開始出發。1099年，十字軍占領埃及法蒂瑪王朝穆斯林控制下的耶路撒冷，並建立了十字軍國耶路撒冷王國和三個附屬小國：伊德薩伯國、的黎波里伯國、安條克公國。這次戰事中十字軍屠殺了安提阿和耶路撒冷二城。屠城之舉影響深遠，令穆斯林日後對基督徒留下永不磨滅的傷痛。
1144年，穆斯林開始反擊，塞爾柱人摩蘇爾總督贊吉攻打伊德薩伯國。耶路撒冷國王向法王路易七世和德國國王康拉德三世求援，開始了第二次十字軍東征（1147年 — 1149年），結果失敗，伊德薩伯國滅亡。期間因贊吉遇刺，便由其子努爾丁繼承其位，積極統合穆斯林世界的力量，為日後的薩拉丁反收復耶路撒冷作準備。
1187年，埃及此時已經更換為阿尤布王朝，並統一了伊斯蘭世界中前什葉派統治的法蒂瑪王朝和遜尼派巴格達兩者的力量，其蘇丹是連西方人都稱讚有騎士風度的薩拉丁，他以聖戰為號召，動員穆斯林軍隊反攻十字軍國家，最終成功攻克耶路撒冷，俘虜了耶路撒冷國王。神聖羅馬帝國皇帝腓特烈一世（紅鬍子）、英國獅心王理查一世和法王腓力二世發動了第三次十字軍東征（1189年 — 1192年），腓特烈一世在途中墜水而死，其部隊退出戰爭。法王腓力二世與英王理查一世及後不和，腓力以國內發生糾紛為藉口，途中返回法國，最終只剩理查孤軍力戰薩拉丁。薩拉丁進行了頑強的抵抗，雙方互有勝負，最終達成停戰協議。
1202年，教皇英諾森三世發起了第四次十字軍東征（1202年 — 1204年）。最初的目標是埃及，後來受威尼斯的利誘，改變了軍事計劃，攻占了君士坦丁堡，掠奪並屠殺達一星期之久，拜占庭帝國的大部分土地也被攻克，並建立了拉丁帝國（1204年 — 1261年）。
1204年，法國國王腓力二世兼併了諾曼第公國的全部領土，法英交惡。1215年，英格蘭貴族強迫英國國王約翰簽訂《大憲章》，要求王室尊重司法過程，接受王權受法律的限制。約翰無意遵守，隨即爆發內戰。次年約翰病逝，內戰停火。
教皇英諾森三世生前發起，1218年開始的第五次十字軍東征（1218年 — 1221年），以埃及阿尤布王朝為進攻目標。1219年攻占埃及杜姆亞特（Damietta），1221年由於尼羅河水泛濫被迫撤退。
幾乎於此同時，1219年至1221年，成吉思汗發動第一次蒙古西征，滅穆斯林花剌子模王朝，令伊斯蘭世界兩面受敵。
第六次十字軍東征（1228年 — 1229年）仍然以埃及阿尤布王朝為進攻對象。神聖羅馬帝國皇帝腓特烈二世通過軍事壓力和談判，為耶路撒冷第二王國取得耶路撒冷、伯利恆和通往地中海的走廊。但是到1244年耶路撒冷再度被流亡的花剌子模穆斯林占領。 1236年 — 1241年，成吉思汗長子朮赤的次子拔都率領蒙古軍團向高加索、東歐、中歐進行第二次蒙古西征，建立金帳汗國。
法王路易九世發動第七次十字軍東征（1248年 — 1254年），進攻埃及阿尤布王朝，被埃及馬木留克奴隸兵團擊敗，路易九世被俘，1250年以大筆贖金贖回。阿尤布王朝也於1250年被馬木留克王朝取代。
1252年至1260年，成吉思汗四子拖雷的三子旭烈兀率領10萬蒙軍進行第三次蒙古西征，滅巴格達末代阿拔斯王朝哈里發，大有把西亞穆斯林勢力連根拔起之勢，之後蒙古征服者建立了伊兒汗國，繼續準備西征，近東伊斯蘭世界的存亡岌岌可危。
1270年，第八次十字軍東征由法王路易九世領導，進攻突尼西亞穆斯林哈夫斯王朝。路上發生流行病，路易九世染病身亡，軍隊撤退。
第九次十字軍東征，有時也被合併成第八次東征的一部分。由英格蘭王儲愛德華王子於1271及1272年發動。他獲知法王路易九世在西線失敗之後，率軍渡海在巴勒斯坦阿卡登陸，企圖從東線進攻。初期愛德華獲得了軍事上的勝利，但最後由於十字軍已經嚴重地失去對聖戰的熱情，內訌連連，無法調和，最後與穆斯林締結和約、黯然回鄉。
此後，十字軍在東方的領土逐漸落入穆斯林手中。1291年，最後一個據點阿卡（今以色列北部城市）被埃及馬木留克鐵騎攻陷，耶路撒冷王國滅亡。
十字軍東征奇特之處在於混雜了宗教、戰爭與貪欲，這些貪欲帶動了東西方之間的貿易，使不少商人從中變得富有，他們開始贊助畫家和建築家，令更多人成為畫家或建築家，間接影響了歐洲文藝復興的開始。
後期的中世紀飽受饑荒、瘟疫和戰爭的威脅，因此此時歐洲的人口開始減少。在1347年和1350年間爆發的黑死病奪取了三分之一歐洲人的生命。
宗教上的爭論和對立也對應著國家間的衝突以及農民的反抗。這一時期文化和科技的發展使得歐洲的社會轉型，結果讓歐洲進入文藝復興時期，這也預示著歐洲近代史的開端。。
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