「就像無數死亡滋養著花朵一樣
這個美麗世界的盡頭
埋藏著數不盡的悲劇
若非當事者你便無從得知
你就儘管被這炫目的美景奪去心神
踏穩步伐向前邁進吧
你的悲劇會化為養分
讓新生的花朵綻放。」 — — 《來自深淵》動畫，第十一話
每當我們提到大自然的時候，腦中喚起的畫面多半是綠意盎然的樹木、燦爛耀眼的陽光，或者讓人看了心曠神怡的綠野平原等等。「大自然」在我們腦中似乎永遠是一種怡然的、為了服侍人們視覺和身心而產生的「景觀」，而不會像《來自深淵》中的深淵一樣是隨時可能肢解我們的身體、吞噬我們生命的恐怖力量與環境本身。除此之外，「大自然」經常也被認為是生生不息、充滿各種生機的「自然環境」，在許多浪漫的詩歌裡，「自然」被表現為美麗的森林、素樸的鄉村田園景緻，用來歌頌生命的美好或其本身源源不絕的力量與鬥志，展現人們對未來、青春等等事物的憧景。
但或許最諷刺的在於，死亡無疑是整個宇宙中最自然的事物。大自然並不只是生生不息、充滿生命的地方，也是充滿死亡的地方。事實上，應該說在自然裡，死亡是生生不息的。這使得這世界上最不自然的，或許並非人們打造出來的科技或技術物體系，而是人們對死亡的避諱與恐懼。對「自然」的一切歌頌與推崇都是為了去否定死亡 — — 這種無所不在、自然無比卻讓人始終害怕的宿命。
喜歡《來自深淵》的一個原因，就是在於他很直接地將我們對死亡的壓抑，全部揭示和顯現出來。在這裡，死亡並非超越日常的事件，而是每個當下都在發生而且再也「自然」不過的生存循環，也是自然用以治理自身的「自然法則」。但最有意思的地方在於，「深淵」不只展現死亡的殘酷，更將死亡的殘酷變成一種解放人們慾望的刺激與力量，激發人們對生的想像，開始追尋對自己來說最重要的價值，並踏上屬於自身的冒險。
深淵就像人本身的無意識一樣，是一個讓所有的慾望從死亡中解放、顯現出來的地方，它和現實生活中的野生叢林不同，不像一個單純的原始自然，而是同時像一個人們為了追求自身的憧憬而產生、開拓出來的人間地獄。這個地獄不是自然而然地存在於某個地方，而是每個人因為想要逃離而為自己創造出來的一個地方，一個新的、通往別的世界的入口。就像瓦茲強在劇中說到，「深淵」雖然完全是對他來說是一個新的地方，但當他踏入這裡時，卻覺得他對這裡的一切感到一種親近和親密感，彷彿這才是他真正的「家鄉」。
「朝向深淵的是一種鄉愁。」
來到「深淵」的人，除了是想要探險、尋寶外，更多卻是因為無處可去，可能就像第二季中罡甲遠征隊一樣，都是一群被家鄉驅逐的人們；也可能就像娜娜奇或孤兒院裡的孤兒，失去自己的家庭，只能流落到這個地方。
這個地獄並不是一個自然而然生長出來的環境，而是在人無窮的寂寞中，誕生出來的無法窺望盡頭的渴求與慾望。劇中的主莉可一行人以及其他的角色在不同層深淵所經歷的創傷，都和別離有關。同時也正是別離的創傷所產生的共鳴，讓他們找到了彼此的夥伴。在這個深淵中，人們並不只是想探險，更是想要尋求一種超越生死的羈絆。
這種超越生死的羈絆在劇中最大的體現就是白笛的製作。而且如果沒有白笛，用一般的方式是無法直接下潛到六層以下的深淵。換句話說，探索深淵的盡頭意味的是必須去突破生死之間的界線，並因此重新轉化「生命」的型態。
有趣的地方在於，某種程度上，出現在《深淵》中的角色們很多都是處在一種不生不死的狀態。劇中的主角三人中，雷古是一個失去記憶的機器人；娜娜奇是失去人形、變成類似於動物的「生骸」；而莉可則是出生時就已死亡，卻因為深淵遺物的力量而重新「復活」的行屍走肉。雖然如此，他們三人在劇中卻像是象徵人類最原初的純真狀態。
不生不死的狀態，或許讓人感到恐懼，而且「極不自然」……怎麼可能會有不是生也不是死的東西呢？但即便是科技發達的現今，我們仍然不知道生命是怎麼產生的。而且有趣的是，即便人確確實實地活著，卻經常懷疑自身是否真的活著的感受，並常常產生自己只是一種行屍走肉的感受。
不生不死，並不只是它字面的意思。事實上，活者本身或許就是不生不死的感覺，因為我們既不知道什麼是真正的生命，但也無法感受真正的死亡，只能不停在兩者之間持續掙扎，尋求救贖。有趣的或許在於，莉可探索深淵的精神面之所以如此強大，或許是因為她是一個早已死過的人，也就是一個活著的死人⋯⋯
動畫的第二季 — — 《來自烈日的黃金鄉》將這種活著卻不生不死的感受刻畫地極為深刻。在這一季中，莉可一行人來到位在深淵第六層的生骸村，這裡的「人」雖然都有人類的意識，但都已經失去人形，變成各種空虛形狀的布偶生存在這裡。有趣的是，他們的「非人」的形態並非隨意的安排，而是反映出每個人不同慾望的形狀和性質，並且作為他們在生骸村中生存的價值，來和他人交換、營生，無法被任意剝奪。
仔細想來，那種讓人不生不死的東西也許就是慾望本身吧？特別是那種渴望歸屬、羈絆、愛的慾望，常常讓人生不如死。同時，這樣的劇情安排也讓我們看到，慾望本身就是一種讓我們扭曲、渴望改變自己形體的力量，他或許不見得改變我們身體的真實外型，卻形塑和不停改變我們靈魂的形狀，賦予我們力量去追求比自身更高等的許多東西。但同時，慾望本身卻也有一種反噬人心的力量，在推動人不停去深淵探險的同時，如同深淵一樣變成一個持續擴張變深的傷口，不停傷害、吞噬著每個想要追求自身慾望的人。
主角莉可在這趟旅行中遇到的人物，幾乎是各種被慾望弄到不成人形的人們。即便是看似仍然維持「人形」的白笛，身心也經歷了各種難以言喻的磨難和扭曲。而且越往下，人承受的變形和扭曲也就越巨大。生骸村的村民便是這樣的體現，失去所有的一切，最後只能以慾望的形體在深淵中苟延殘喘。不過最讓人印象深刻的，是伊嚕謬伊的故事。
伊嚕謬伊的故事讓人難以忘懷的原因在於，她的慾望：想要生小孩，本身其實就是那個一直不停折磨她、使她從村子被驅逐到深淵的創傷。她最後所變成的形狀 — — 也就是生骸村本身，與其說是她慾望的形狀，更像是她心中的創傷具象化的體現。我們在慾望中能夠看到的並不只是人的渴求，也可以看到人痛苦的來源。
伊魯謬伊的故事是整個生骸村建立的過程，但除此之外，這個故事也像是一個關於慾望本身的寓言，讓我們去思考人的慾望究竟是怎麼產生的？以及一個人的慾望是否真的是他自己的慾望？就像普魯修卡當初之所以能夠變成莉可的白笛，一部分是歸功於黎明卿對她的「情感培養」，讓她能夠對黎明卿產生深刻的情感，後來這股情感因為內心也想探索外面世界的想法和莉可的冒險精神發生共鳴，因此部分地轉移到莉可身上，後來化身成莉可的白笛，而不會淪落成只是黎明卿的彈藥包。
這段推論的假設是，如果要成為黎明卿的彈藥包，那麼條件首先是必須對黎明卿產生深刻的情感，以致能夠代替他承受詛咒。這可能也是黎明卿在娜娜奇和米蒂的實驗中發現的事情，讓他後來終於開發出能夠自由往來五六層的彈藥包。但光是有深刻的情感是否就能被製作成白笛？則尚不知曉。
有趣的在於，黎明卿的「情感培養」並不僅僅只需要和對象有親密的互動，更需要讓對象感受到自身的死亡。在劇場版《深沉靈魂的黎明》中，黎明卿在追逐從前線基地逃出的莉可一行人時，便在普魯修卡面前演了一場戲，故意讓自己中了莉可等人設下的陷阱而死亡，讓普魯修卡產生悲痛的情緒，之後再使用遺物的力量復活，在普魯修卡轉悲為喜的情緒中將她擊昏，並帶回基地製作成「彈藥包」。
痛苦和死亡的殘酷性，便是這種「情感培養」的邏輯。對黎明卿（和許多深淵的角色）來說，痛苦的價值在於可以加深人們的情感，讓我們和某些對象的關係變得更加強烈和緊密。因為既然生死的界線能夠讓人更加珍惜彼此，那麼在關係中不停製造生與死的衝突與矛盾，便能激發人對彼此深刻的情緒。甚至可以說，殘酷地將某些重要的事物奪走，或者變成不生不死、宛若死亡的狀態（受到六層詛咒的米蒂與被願望蛋轉化成「村子」的伊魯謬伊），將有機會製造出比原本還更能糾纏彼此的羈絆。
這種糾纏的羈絆最常見的形式：是鬼魂和記憶，前者很類似像普魯修卡與莉可之間的關係，後者則是生骸村的村民最後消失時和主角一行人的關係，也就是他們變成以記憶的形式成為他們的一部分，繼續踏上冒險。
除此之外，米蒂和娜娜奇之間深刻的情感，又或者布耶可與伊魯謬伊之間無法捨棄彼此關係的感受，都與米蒂、伊魯謬伊變成了某種不生不死的存活與分離狀態有著強烈的關係。因為正是這種人們活著卻常常徘徊在生死之間的痛苦感受，塑造了人對親密關係的渴求，也讓人難以徹底擺脫彼此。
死亡在此時彷彿再度變成了解脫的救贖，但也同時是劇中痛苦的高潮。某個程度上，《來自深淵》的作者也和黎明卿類似，以痛苦和死亡的殘酷培養了觀眾對這部作品的情感，讓我們在角色痛苦的掙扎和突如其來的死亡中不停感受到黎明卿所說的感動（斯巴拉系！）。《來自深淵》並不只是一部不停刻畫探窟人們痛苦與悲劇的作品，而是在刻畫痛苦的同時，也在不停追求痛苦的昇華。可以說後者才是前者真正的目的。這也是為何在後期裡，音樂的角色變得越來越重要的原因。在這齣作品中，可以想見深淵將會為主角們帶來更多層的自我或他人的痛苦苦難，但與其說是深淵不停為他們帶來痛苦，不如說更像是透過讓他們感受到一層層痛苦的昇華，讓我們與他們繼續進入到更深一層的深淵⋯⋯。
