COVID-19 : Teste-moi si tu peux
Auteurs: Dr. Jaber Belkhiria , Dr. Zied Bouslama, Dr. Amine Ghrabi, et Dr. Oussama Zekri
Traduction : Syrine Jemour
A propos de OpenNiqash
Depuis le début de l’épidémie de Covid-19, la stratégie de lutte et de surveillance adoptée par la Tunisie est en constante adaptation au contexte épidémiologique. Initialement, le SRAS-CoV-2 n’avait été détecté que chez les voyageurs de retour dans le pays ainsi que chez les personnes avec lesquelles ils avaient été en contact. Aujourd’hui, le virus s’est propagé dans l’ensemble de la population tunisienne et est devenu autochtone. Ainsi, le virus est devenu plus difficile à détecter particulièrement chez les personnes asymptomatiques. Par conséquent, les tests de dépistage sont devenus le seul outil disponible pour suivre avec précision la dynamique de l’épidémie.
Au 15 avril 2020, la Tunisie avait effectué un total de 19 411 tests de dépistage (1 642 tests par million), plus que tout autre pays d’Afrique du Nord. Le gouvernement prévoit d’accroître ses capacités de dépistage tout en envisageant l’utilisation de méthodes de détection rapide pour une plus grande identification des cas.
À cette fin, les autorités sanitaires tunisiennes s’adonnent à la tâche ardue d’adapter la stratégie de dépistage du pays aux besoins actuels et futurs. Diverses options sont envisagées pour détecter les personnes infectées ; chacune de ces options présente des avantages et des inconvénients. C’est la raison pour laquelle une connaissance approfondie des méthodes de dépistage est indispensable pour concevoir la stratégie la mieux adaptée au contexte épidémiologique tunisien.
Le défi actuel est le suivant ; à quel point l’inclusion des tests rapides à la stratégie de dépistage contribuerait dans l’accompagnement du déconfinement ?
Stratégie de dépistage actuelle en Tunisie
Lorsqu’un cas suspect est identifié, un prélèvement par écouvillon nasopharyngé est effectué. Ce dernier est placé dans un tube et adressé à un laboratoire de référence. Le prélèvement et l’envoi des échantillons sont réalisés en coordination entre le Service d’Aide Médicale Urgente (SAMU), les hôpitaux et la direction régionale de la santé.
L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) recommande d’utiliser la RT-PCR en temps réel (RT-qPCR) comme technique de référence pour le diagnostic du COVID-19. Cette technique détecte l’information génétique (ARN) du virus SRAS-CoV-2. Toutefois, ce test est complexe et nécessite de multiples réactifs, des conditions de laboratoire spécifiques (de niveau de sécurité BSL-2) ainsi que des techniciens hautement qualifiés. La disponibilité de ces conditions particulières de sécurité ainsi que les ressources humaines nécessaires n’est pas forcément un bien acquis dans toutes les structures hospitalières. Ce qui laisse le diagnostic réservé à un nombre limité de laboratoires.
Le diagnostic au laboratoire est un processus fastidieux, qui commence par l’inactivation du virus et la libération de son ARN. Après une série de réactions qui visent à purifier l’ARN, la réaction PCR proprement dite est entamée dans une pièce différente, au cours de laquelle l’opérateur mélange soigneusement des produits chimiques spécifiques avec chaque échantillon et soumettent ces combinaisons à une machine de laboratoire (thermocycleur). L’analyse des résultats détermine si l’échantillon est positif ou négatif. En tout, 24 à 48h s’écoulent entre le prélèvement et l’émission des résultats. Ce délai dépend de la durée d’acheminement des prélèvements au laboratoire, du nombre de prélèvements en attente, de la durée du test, ainsi que des capacités en ressources humaines du laboratoire.
Aux premiers stades de l’épidémie, le laboratoire de microbiologie à l’hôpital universitaire Charles Nicolle à Tunis a été identifié comme laboratoire national de référence pour le diagnostic du COVID-19. Toutefois, l’augmentation rapide du nombre de cas suspects et leur contacts a augmenté le besoin en testing. En conséquence, quatre laboratoires supplémentaires ont rejoint le laboratoire de référence et ce à Tunis (Institut Pasteur de Tunis), à Sousse (Hôpital Universitaire de Farhat Hached), à Monastir (Hôpital Universitaire de Fattouma Bourguiba) et à Sfax (Hôpital Universitaire de Habib Bourguiba). Le 15 avril 2020, un laboratoire militaire mobile a été temporairement envoyé à Tataouine pour servir la région sud du pays. En outre, l’Hôpital Militaire Primaire d’Instruction de Tunis a également été chargé de tester le personnel des forces armées ainsi que les personnes à leur charge.
Cela étant dit, deux facteurs critiques limitent l’utilisation du test RT-qPCR :
Le test RT-qPCR est relativement chronophage: il faut au moins une journée pour obtenir un résultat. Le fait de disposer d’un plus grand nombre de laboratoires dans tout le pays, avec du matériel plus avancé, comme la « PCR rapide automatisée en temps réel », accélérerait considérablement le processus tout en réduisant les risques d’erreurs humaines.
La RT-qPCR nécessite des réactifs, des équipements et des conditions de biosécurité strictes: la plupart des réactifs doivent être importés, excepté certains qui sont produits localement (les amorces). En outre, la manipulation des échantillons pour les tests moléculaires doit être effectuée dans des laboratoires de niveau de sécurité biologique 2 (BSL-2).
Le ministère de la santé ne peut envisager l’utilisation illimitée de la RT-qPCR pour tester les suspects Covid-19 à cause du coût élevé de cette dernière, de la haute technicité requise pour le personnel ainsi que l’achat de réactifs et d’équipements de pointe. Pour cette raison, les décideurs tunisiens envisagent une autre solution, à savoir des méthodes de dépistage moins coûteuses et plus rapides.
Le test rapide comme outil de diagnostic complémentaire
Comparativement aux tests RT-qPCR, les tests rapides de détection du SRAS-CoV-2 présentent théoriquement l’avantage d’un résultat instantané. Les tests rapides détectant l’antigène ou les anticorps ne nécessitent pas une grande expertise de laboratoire et peuvent offrir un résultat au bout de 20 minutes.
Test de détection rapide d’antigène: détecte directement la présence du SRAS-CoV-2. Les écouvillons naso-pharyngés peuvent contenir un virus vivant. Par conséquent, les tests de détection rapide d’antigène doivent être effectués dans un laboratoire de niveau de sécurité biologique 2 avec une obligation de port d’équipements de protection individuelle (EPI) appropriés.
Test de détection rapide des anticorps : il détecte une réponse immunitaire spécifique au virus SRAS-CoV-2 (c’est-à-dire les anticorps IgM et/ou IgG). Les premières études suggèrent que la production d’IgM et d’IgG chez les patients atteints de COVID-19 se produit généralement entre 7 et 11 jours après l’apparition des symptômes, les anticorps IgM apparaissent en premier, suivis par les IgG. Le test nécessite un prélèvement sanguin conforme à un protocole d’échantillonnage strict. Toutefois, ce test peut être effectué en toute sécurité au chevet du patient et ne nécessite pas de laboratoire de niveau de sécurité biologique 2.
Les deux tests jouent des rôles différents et peuvent être utilisés dans des contextes différents. Le test de détection rapide d’antigène peut être utilisé pour tester les cas suspects. Le test de détection rapide d’anticorps est utilisé pour détecter une exposition virale antérieure au sein de populations cibles telles que les travailleurs de la santé. On pourrait penser que la combinaison de ces deux méthodes de test rapide est une alternative efficace à la RT-qPCR. Cependant, la capacité de ces tests rapides à fournir un résultat précis varie. Deux paramètres essentiels permettent d’évaluer la précision des tests :
La sensibilité: elle mesure la proportion de vrais positifs qui sont correctement identifiés comme tels. Par exemple, si nous avons 100 personnes malades (qui ont été testées positivement à la RT-qPCR) et que nous les testons avec un test rapide d’une sensibilité de 90 %, seuls 90 d’entre eux seront positifs. Ce sont les “vrais positifs”. Les 10 autres infectés seront à tort testés négatifs (faux négatifs).
Spécificité: elle mesure la proportion de vrais négatifs qui sont correctement identifiés comme tels. Par exemple, si nous avons 100 personnes non infectées (qui ont été testées négatives au RT-qPCR) et que nous les testons avec un test rapide de spécificité à 90 %, seules 90 d’entre elles seront testées négatives. On les appelle des “vrais négatifs”. Les 10 autres personnes non infectieuses seront à tort testées positives (faux positifs).
Il est essentiel de veiller à minimiser les erreurs dus aux méthodes de test afin de contrôler l’épidémie de manière efficace. Ceci aiderait à éviter un prolongement non nécessaire de la période de quarantaine pour des individus non infectés, ou bien sa levée pour ceux qui portent encore le virus.En vue de choisir une méthode adéquate de dépistage rapide, quatre éléments techniques doivent être pris en compte;
- Choix d’un test à sensibilité et spécificité élevées: idéalement, un test devrait être sensible et spécifique à 100 %. Etant donné qu’il n’existe pas de test de ce type, les caractéristiques techniques se rapportant à la sensibilité et à la spécificité du test doivent être examinées avec précaution. Il faut souligner que les performances des tests rapides sont actuellement évaluées par les fabricants eux-mêmes, et que ces évaluations se basent sur des échantillons de petite taille, sans tenir compte de la diversité démographique et géographique. Ces estimations ne reflètent guère l’efficacité des tests de manière fidèle.
- Utiliser le test approprié à chaque scénario épidémiologique: la prévalence de la maladie peut influencer les valeurs prédictives d’un test. Cela signifie que si nous effectuons le test dans un contexte de forte prévalence (c’est-à-dire dans des groupes à haut risque), il est plus probable que les personnes dont le test est positif soient réellement atteintes de la maladie que lorsque le test est appliqué à un contexte de faible prévalence (c’est-à-dire à la population générale).
- Validation des résultats avec un test de référence: Dans certains cas, la confirmation d’un diagnostic peut nécessiter un deuxième test. Par exemple, étant donné la faible sensibilité des tests de détection rapide d’antigène, tous les résultats négatifs doivent être confirmés par la méthode de référence (RT-qPCR).
- Prélever et transporter les échantillons correctement: il est important de prélever les échantillons au bon moment, devant les variations de l’excrétion virale et la production d’anticorps. Il est aussi essentiel de respecter les conditions de transport pour éviter d’altérer l’échantillon.
Futures mesures de dépistage en Tunisie
Le 28 mars 2020, la Pharmacie Centrale de Tunisie (PCT) a lancé un appel d’offres pour l’achat de 400 000 tests de détection rapide COVID-19 avec livraison immédiate, en vue d’augmenter la capacité nationale de dépistage. Ce nombre total devrait être réparti de manière égale entre les tests de détection rapide d’antigène et d’anticorps.
L’efficacité des tests rapides doit impérativement être prise en compte lors de l’évaluation des offres soumises à la PCT. Cependant, on en sait encore peu sur ces tests et les informations fournies par les fabricants ne sont pas infaillibles en raison de leur nouveauté. Plusieurs pays se sont retrouvés avec des kits non opérationnels en raison d’une évaluation erronée des offres soumises. Même en supposant que la sélection des tests soit optimale, les autorités de santé publique doivent veiller à ce que des protocoles appropriés soient respectés et que le personnel reçoive une formation adéquate. Il s’agit principalement de mesures de protection contre les erreurs de manipulation.
La stratégie actuelle adoptée par la Tunisie en ce qui concerne le dépistage du Covid-19 avait pris en compte la combinaison des méthodes rapides avec la méthode de référence. Selon les recommandations proposées par l’INEAS, les tests rapides ne sont pas destinés à remplacer la RT-qPCR. Les tests de détection rapide d’antigène serviront de diagnostic préalable pour les cas suspects de COVID-19 ou pour les populations à risque afin d’identifier des clusters. Cependant, tous les échantillons négatifs des tests de détection rapide d’antigène doivent être couplés à un RT-qPCR pour confirmation, étant donné leur faible sensibilité. Les tests de détection rapide des anticorps, en revanche, seront utilisés dans les enquêtes épidémiologiques pour aider à mieux comprendre la propagation de la maladie dans une population donnée. Des études pilotes ont déjà été mises en place dans quatre districts : Hrairia (Tunis), Dar Fadhal (Ariana), Hammam-Lif (Ben Arous), et Manouba Ville (Manouba) pour estimer la prévalence de la maladie dans la région du Grand Tunis.
La stratégie de l’État a également établi des lignes directrices générales concernant les normes de biosécurité en laboratoire, selon lesquelles les tests de détection rapide d’antigène, ainsi que les tests PCR doivent tous exclusivement être effectués dans des laboratoires répondant aux normes de sécurité biologique de niveau 2 (BSL-2). Toutefois, la manière dont ces normes de biosécurité seront mises en œuvre et contrôlées n’a pas été clairement mentionnée.
Compte tenu de l’ambiguïté du processus d’accréditation en matière de biosécurité, la chambre syndicale des biologistes de libre pratique a exprimé son souhait de rejoindre les laboratoires nationaux pour que les installations de test privées soient incluses dans la stratégie nationale actuelle. Une extension des tests aux laboratoires privés soulèverait des questions liées à la biosécurité, à leur accessibilité et à leur coût. Un accès équitable au dépistage devrait être primordial. Enfin, les cas positifs confirmés dans le secteur privé doivent être inclus dans le système actuel de référencement des patients.
Les responsables de la santé se sont prononcés en faveur de l’utilisation de méthodes de test rapide pour améliorer la capacité de dépistage du pays. Cette solution est réaliste si elle est mise en œuvre de manière appropriée.
Le diagnostic doit être fiable afin d’assurer la crédibilité de la précision des tests. À l’heure actuelle, les tests rapides disponibles ont des performances variables qui nécessitent le recours à différentes combinaisons de tests. En outre, compte tenu des ressources actuellement limitées, les tests ne sont approuvés que si un cas suspect répond à la définition précise de cas, et ils sont ensuite effectués dans un laboratoire désigné. Une application stricte des définitions de cas et des indications appropriées pour chaque méthode de test est cruciale pour garantir la qualité du diagnostic COVID-19. Néanmoins, la définition d’un cas suspect doit rester conforme aux dernières informations disponibles sur la répartition des cas de COVID-19 au sein de la population générale et sur les progrès des techniques de diagnostic. Les résultats doivent néanmoins être interprétés avec prudence. Une augmentation du nombre de dépistages utilisant des tests de détection rapide entraînerait potentiellement une plus grande dépendance à la PCR pour confirmer certains résultats. Ainsi, le seuil de capacité de dépistage de la Tunisie peut être dépassé, ce qui suscite des craintes quant à la capacité d’accès aux services de dépistage.
En réalité, les laboratoires tunisiens ont des capacités limitées. Même lorsqu’ils sont disponibles, les laboratoires publics de niveau de sécurité biologique 2 sont inégalement répartis géographiquement, ce qui va à l’encontre du rapport temps/bénéfice recherché par l’utilisation de certaines méthodes de test rapide qui dépendent également de ces institutions (à savoir le test de détection rapide des antigènes). À mesure que les autorités développent leurs capacités de dépistage, les agences nationales d’accréditation devraient être en mesure d’assurer l’application des recommandations en matière de biosécurité au sein des institutions désirant se joindre aux efforts nationaux de dépistage. Enfin, un accès équitable à des tests de qualité doit être garanti, indépendamment des capacités financières des bénéficiaires.
Il est important de mentionner que la pénurie mondiale d’équipements indispensables pour poursuivre les tests en laboratoire pousse les états à être compétitifs. La Tunisie ne fait pas exception à la règle, et l’engagement de la diplomatie économique tunisienne dans un proche avenir est nécessaire. A court terme, la formation ad hoc du personnel sera également la clé de la durabilité, afin de préparer les ressources humaines nécessaires pour lutter contre la vague actuelle ainsi que celles à venir. À long terme, le budget de l’État alloué à la recherche notamment au recrutement de personnel hautement qualifié (tels que les biologistes) devrait être révisé. Car il est évident que les techniques de dépistage virologique aujourd’hui sont tributaires de technicité hautement spécialisée.
La réalisation de tests appropriés demeure la pierre angulaire des plans de sortie du confinement actuel. La stratégie mise en place par les autorités tunisiennes pour faire face au COVID-19 a été élaborée par un comité scientifique composé principalement de médecins. Plusieurs de leurs publications font état des recommandations scientifiques quant à la méthode de prélèvement, de dépistage, la recherche des personnes exposées aux contaminés ainsi qu’au traitement à administrer. Cependant, l’efficacité de cette stratégie dépend fortement de la volonté de la population à scrupuleusement s’y conformer. Pour ce faire, et pour gagner la confiance de la population, la stratégie du gouvernement devrait davantage inclure les communautés et mettre en place une approche participative. Jusqu’à présent, cela n’a pas été le cas, car la population est toujours en retard par rapport aux décisions du gouvernement visant à contrôler l’épidémie. En d’autres termes, l’approche adoptée est pour le moment exclusivement biomédicale, écartant les facteurs écologiques et sociaux qui influent sur le comportement des individus. Des experts en sciences sociales ainsi que des spécialistes des déterminants socio-écologiques et sanitaires pourraient aider le comité scientifique actuel à mettre en œuvre efficacement des interventions plus adaptées au contexte.
Jusqu’à présent, les manquements aux objectifs fixés en matière d’approvisionnement en kits de tests rapides et en masques nécessaires à l’accompagnement du déconfinement, en plus de la médiatisation des erreurs de manipulation des tests rapides ont été la source de beaucoup de frustration et de confusion chez le grand public. L’assouplissement progressif du confinement exigera un effort collectif. Cela signifie une régression des libertés individuelles au profit de l’intérêt général. Il est donc essentiel que la population puisse faire confiance aux responsables de la santé et qu’elle ait une raison de mieux coopérer. Les autorités ne peuvent forcer la confiance des gens; ils doivent la mériter.
Le 4 mai 2020, le pays a entamé une levée progressive du confinement. Les décisions futures visant à assouplir ou à renforcer les mesures restrictives actuelles devraient faire preuve de la capacité du pays à procéder à des tests de manière anticipée. Les efforts mis en œuvre pour contrôler la propagation du virus par le biais des services de dépistage doivent être poursuivis. Il faudra également s’appuyer sur la surveillance par l’utilisation de technologies de collecte et de reporting de données pour éclairer les décisions futures.
L’élaboration des stratégies politiques en période d’incertitude demeure difficile. En effet, la levée du voile d’ignorance doit être basée sur les meilleurs outils scientifiques disponibles. La collecte des données de manière exhaustive et en temps réel pourrait apporter plus de clarté en temps de crise et permettrait ainsi de préciser et définir les mesures à prendre. En outre, la base scientifique sur laquelle repose la stratégie de test officielle doit être constamment remise en question. Elle doit être soumise à l’analyse, à l’évaluation et à la critique.
