systems biology workshop 2014

Конец позапрошлой недели я провёл в Петербурге при довольно неожиданных обстоятельствах. Замечательные Саша Предеус и его коллеги совместно с питерским Институтом Биоинформатики проводили “воркшоп по системной биологии”, а я напросился принять участие. Особенных иллюзий по поводу собственных возможностей пересказать услышанное своими словами у меня не было, понятно, что область знаний очень-очень специфичная, и я про это ничего не знаю. Тем не менее, интересно было сунуть нос, поиграть в школу, повидаться с Сашей, ну и на несколько майских дней смотаться в Петербург.

Мероприятие было посвящено тому, что называется “биоинформатика” (хотя сами “биоинформатики” это слово не очень любят, как я понял).

То есть, существуют огромные массивы данных о строение биологических организмов (в первую очередь речь конечно о последовательностях нуклеотидов в геноме), и данных этих становится только больше, потому, что методы получения данных развиваются, а задач несусветное множество. И эти массивы настолько огромные, что просто так приложив хуй к носу никакие выводы из них сделать нельзя. Нужны какие-то серьёзные алгоритмы для их анализа. И вот здесь получается отличная коллаборация между computer science и биологией, настолько плодотворная, что превращается в самостоятельную науку.

Общее впечатление о том как это работает можно получить здесь:

http://bioinformaticsinstitute.ru/guests/2

Вообще, хочу отдельно сказать про “Институт Биоинформатики”, я про него ничего не знал, а сейчас вот узнал, и очень растрогался. Это, грубо говоря, добровольное объединение единомышленников, которые организовали бесплатное дополнительное образование в этой области для студентов и аспирантов, интересующихся тематикой. Ну и по сайту видно, насколько это всё тщательно и с любовью делается, остаётся только позавидовать (здесь была шутка про “институт гендерных исследований”).

Воркшоп состоял из теоретических модулей (где было больше биологии), там мне более менее удавалось следить за ходом мысли, которые чередовались с практическими, где я пускал пузыри. То есть, когда рассказывали какие бывают методы секвенирования, какие именно объекты (мРНК, вся ДНК целиком, отдельные участки ДНК, функционирующие в данное время и в данном месте) в ходе этих методов секвенируются, какого типа информацию можно в этих массивах данных отыскать — это было условно понятно, в общем, за такими историями я и приехал.

Но это было интересно лично мне, а для участников было детским садом. Их интересовали какие-то практические аспекты — как переформатировать один файл в другой, где скачать актуальные базы, как нагляднее отобразить данные в программе. И тут конечно я капитально плыл, потому что видел окошки этих программ впервые в жизни, да и по-честному не планирую пока в них работать.

И вот тут непростой вопрос, который я постоянно задаю себе сам, как человек, занимающийся преподаванием другого междисциплинарного предмета. А именно, насколько глубоко нужно давать экскурсы в теорию для людей, которых волнуют практические аспекты. С одной стороны, по уму вроде бы слишком глубоко и часто не нужно, все же делом пришли заниматься, а не рассусоливать. С другой стороны, я вот читаю западные учебники для инженеров, занимающихся композиционными материалами, и там авторы не обламываются расписать постадийный механизм отверждения эпоксидных и полиэфирных смол и объяснить из какой химии следуют различия в их технологии (здесь от такого шарахаются как от огня).

И на воркшопе таких теоретических экскурсов мне не хватало. И я это говорю, понятно, не как практикующий биоинформатик, но как человек, любящий учиться. И когда знакомишься с какой-то большой и сложной областью знаний, постоянно нужны мостики от неё к другим знаниям, какие-то отступления на шаг, напоминания зачем всё это, как эта задача связана с другими, где границы применимости. То есть, “telling stories” никто не отменял.

Вообще, конечно, это было очень мотивирующим мероприятием, как в контексте “хорошо бы и нам замутить что-то подобное” (и я если не растеряю запал, то осенью уже можно будет начинать, уже начал думать как это должно выглядеть, чтобы соответствовать планке), так и в плане того, что оказаться посреди нескольких десятков людей, не обломавшихся заниматься довольно сложной междисциплинарной наукой. И хотя сейчас появляется первое поколение, которое после школы имеет возможность пойти учиться “на биоинформатика”, но по моему ощущению, 95% участников прошедшего воркшопа это смесь конвенциональных биологов и технарей, героически покидающих свои зоны комфорта. Которые при этом являются милыми и дружелюбными ребятами, провести время в компании которых было отдельным удовольствием.