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By Olga Kokshagina, Olivier de Fresnoye, Yohann Sitruk, Ozanne Tauvel-Mocquet pour Epidemium

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Based on the workshop at the Recomb conference in Paris 2018 and discussions with Epidemium and Recomb participants

Crowdscience and open science programs are crucially important to make research more open, accessible to everyone. Every year, more and more organizations (both private and public) seek help from crowds, try to build new communities to contribute, propose or even fund research projects. A variety of different models exist today.

One of the most popular models are crowd science competitions. Organizations like Xprize, DREAM Challenges, Innocentive organize challenges to solve complex research questions. For instance, DREAM Challenges is a non-profit community that specializes in biology and medicine. Dream challenges excel in building rigorous, reproducible challenges. DREAM leverage on crowds to “find new and better computational models and then make these methods available to all”. At the end of each challenge, the solutions submitted by the crowd are evaluated and winners usually get a reward. The model has a long proven track record since its creation in 2007 and DREAM Challenges have an excellent track of high level publications in Nature, Science attracting top scientists and experts to take part in the competition. …

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Epidemium X Institut Curie, Data Day, Intervention 1

Intervenant

Intervention

Parmi les objectifs d’Epidemium, il y a ceux de diffuser, de comprendre, d’améliorer la recherche sur le cancer et les connaissances en ce domaine. Le programme, fondé notamment autour de l’idée de la collaboration, propose à tout acteur intéressé par cette problématique, quelque soit sa nature, son sujet et niveau d’expertise, de venir sur les briques primaires de connaissances constituées et de les co-construire dans le temps.

Epidemium & l’Open Data

Le terme open data désigne toutes données qu’il est possible de réutiliser, quelque soit la finalité, recherche ou commerciale, et quelque soit l’acteur.

Le programme se situe dans le domaine de l’épidémiologie du cancer. Il travaille, à l’origine, avec des données dites open data, c’est-à-dire des données déjà publiques, qui sont, en général, plutôt populationnelles. Elles vont des registres des cancers jusqu’aux données environnementales, facteurs de risque et facteurs protecteurs de cancer, etc. …

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Epidemium X Institut Curie, Data Day, Intervention 5

Intervenant

  • Pr Dominique Stoppa-Lyonnet, Pôle de médecine diagnostique et théranostique, INSTITUT CURIE

Intervention

Une des problématiques qui agite beaucoup les généticiens, et en particulier les pathologistes moléculaires, est celle de l’interprétation des variants génétiques (ou mutations génétiques).

L’ère du séquençage haut débit a mis en lumière la très grande diversité des données. Un exome, à savoir l’ensemble des parties codantes des gènes, représente environ 34 million de paires de bases (34Mb), soit 1,3% de nos 3 milliards de paires de bases qui constituent notre génome haploïde. En moyenne, pour un individu, il y a 20 000 variants ponctuels de petite taille (single nucleotide variants) et parmi eux, 500 sont rares au sens où ils sont présents chez moins d’un pour mille des personnes, et la moitié d’entre eux sont associés à une perte de fonction. …

About

Epidemium

Exploring New Paths to Cancer Research with Epidemium: a data challenge oriented and community-based open science program #Open #Data #Science

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