Você chegou a olhar o repositório (https://github.com/gabrielfgularte/django-custom-user)?

Dá uma olhada nessa linha: https://github.com/gabrielfgularte/django-custom-user/blob/master/django_custom_user/account/models.py#L32

Nessa linha está definida a criação do superuser, e ela recebe um username e passa esse username pro método _create_user, que por usa vez, cria normalmente um usuário.

Eu vou ver aqui no código se tem algo dando errado e te falo, mas a princípio, deveria funcionar. :)