Cargar archivos de edición de SNOMED CT en Snowstorm usando la interfaz web Swagger

Read it in english:

Loading SNOMED CT releases into Snowstorm using Swagger interface

A veces no es posible acceder al servidor Snowstorm físicamente o incluso remotamente, o simplemente no queremos ejecutar comandos en la terminal.

Así que hay una manera de actualizar los archivos de edición de SNOMED CT por medio de la interfaz web, siguiendo una serie de pasos.

Prerrequisitos

· Instancia operativa de Snowstorm, desplegada usando Docker o de forma usual:

NOTA: Snowstorm debe estar corriendo en modo importación, y no en modo sólo lectura.

snowstorm/docs/getting-started.md at master · IHTSDO/snowstorm

snowstorm/docs/using-docker.md at master · IHTSDO/snowstorm

· Archivo de edición de SNOMED CT:

Get SNOMED CT | SNOMED International

Proceso de carga de archivo

Es momento de iniciar la carga del archivo comprimido de distribución (archivo de SNOMED CT), accediendo a la interfaz web.

En este punto se debe conocer cuál es la dirección IP o dominio del servidor, a los fines de este tutorial, asumimos que es localhost:8080.

Now it’s time to start the loading of the zipped distribution file (SNOMED CT file), so accessing to the web interface.

1. Realizar una solicitud POST para generar un ID de trabajo de importación y obtener ése ID.

Éstos parámetros son necesarios:

{ "branchPath": "MAIN", "createCodeSystemVersion": true, "type": "SNAPSHOT" }

Usualmente type es usado con el valor SNAPSHOT, pero si se planea cargar un tipo de distribución full, usar el valor FULL.

Para más información de los tipos de ediciones: https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCRELFMT/3.2+Release+Types

Para encontrar la opción a usar, hay que buscar por el ítem expandible bajo la sección de Import:

Después de ejecutar esta solicitud, se muestra un ID de trabajo de importación en la sección de respuesta, como una cabecera llamada location. Verás una URL completa, y en la parte final el identificador requerido.

En este ejemplo, está la dirección IP o el dominio del servidor, el recurso import y el ID deseado:

2. Ir a la importación del archivo y obtener el ID de trabajo de importación

Navega de nuevo a otro ítem de menú, el cual permite subir tu archivo de edición de SNOMED CT; es un archivo comprimido, no lo extraigas.

Aquí, pega el identificador en la sección de ImportID, y busca en tu computadora por el archivo comprimido. Después haz click en Execute.

Tomará un tiempo mientras se carga el archivo en el servidor, dependiendo de tu conexión de red.

Después de una carga exitosa, esta es la respuesta (con el código 200 OK)

Esto no significa que el archivo ha sido procesado, solamente fue subido al servidor. El trabajo de procesamiento real acaba de comenzar y tomará un tiempo mayor (30 a 60 minutos dependiendo de las capacidades del hardware).

3. Monitorear el estado del trabajo de importación

Desplázate una ves más hasta encontrar ésta opción, la cual hace una solicitud GET para conocer el estado del proceso. Pega el identificador del proceso de importación en la caja de texto y ejecuta la consulta.

Si el proceso está aún en ejecución, la respuesta será:

En el cuerpo de la respuesta, el valor de la clave status nos muestra cómo están yendo las cosas.

Si todo salió bien, un feliz estado de COMPLETED es mostrado. Cualquier cosa diferente es un error en el proceso.

Después de estos breves pasos, el servidor de Snowtorm está cargado con el archivo de distribución de SNOMED CT.