iOSのKindleアプリは、確か、言語設定とログイン先のアカウントが関係しています。Amazon.co.jpのアカウントとAmazon.comのアカウントのメールアドレスもパスワードも同じ場合、OSの言語設定を日本語にしてログインすると、Amazon.co.jpのアカウントが優先してマッチして、英語にしてログインするとAmazon.comのアカウントが優先してマッチするような挙動をしています。面倒ですが、使いたいアカウントに合わせて言語設定を一回変えて、ログインして、必要であれば言語設定を元に戻せば、面倒ですが一応同じメールアドレス、パスワードで使い分けられます。

あと、Amazon.co.jpアカウントのメールアドレスとAmazon.comアカウントのメールアドレスが同じでもパスワードが違っていれば、アカウントを使い分けられるので、私はその方法で使っています。