В мире laravel есть laracast где рассказывается о best practics, даже в мануале есть дв примера написания todo. Так что криворукие программисты юзающие магические where, фасады, неумеющие пользоваться composer и прописывать document root — это не проблема фреймворка и его инфроструктуры.

А вот Тейлло это да, 3.14здец, он с кажды релизом всё больше и больше фортилей выкидывает.