Несколько простых правил, которые помогут сделать хороший прототип

Общайтесь с клиентом напрямую
Общение с клиентом через менеджера при проектировании создаёт массу трудностей. Все коммуникации с клиентом лучше оставить на себе. Без общения хороший прототип не сделаешь.

Хороших ТЗ без прототипа не бывает
Если до момента создания прототипа уже было написано техническое задание, будьте уверены — в него придётся внести правки.

А нужен ли прототип?
К разным проектам необходим разный подход. Иногда проще проектировать сайт на бумаге. Например, корпоративные сайты проще набрасывать в эскизной форме, потому что такие ресурсы больше строятся на идейном содержании, нежели на контенте. Соответственно, при работе с информационными ресурсами лучше использовать динамические прототипы.

Залезьте в чужую шкуру
Проектирование — процесс не только созидательный, но и требующий большой аналитической работы, которая строится на понимании пользователя. Поставьте себя на место человека, который будет пользоваться вашим интерфейсом и примите соответствующие решения. Представить себя 40-летней женщиной в разводе конечно сложно, но подобные старания никому ещё не вредили.

Прототип должен быть интерактивным
Лично я давно пользуюсь Axure. Схемы, сделанные в индизайне, не дадут результата (кроме уж совсем очевидных ситуаций). Статичных форм хватит максимум, чтобы спланировать функциональность сайта. Но предположить, как пользователь будет взаимодействовать с таким ресурсом, практически невозможно.

Больше работайте с текстом
Используйте только актуальный контент и чаще вчитывайтесь в его суть. Обращайте внимание на формулировки заголовков к формам. И помните, в клиентском контенте ключ к правильному решению.

Итерации
Каждое решение в прототипе нужно пробовать улучшить снова и снова или вовсе найти другое.

Прототип обязан быть эстетически приятным и доходчивым
С документом должно быть удобно работать. Он делается для разных специалистов, для людей разных взглядов, участвующих в одном проекте. Лишними комментарии к работе не бывают. Чем больше порядка в прототипе, тем больше порядка во всём проекте.

Обходитесь без графических элементов и избегайте хроматические цвета
Разбираясь с прототипом, клиенту требуется определённая доля воображения. Хроматический цвет и стилеобразующие элементы искажают восприятие прототипа. Чем больше графики вы будете использовать в работе, тем сложнее вашему клиенту будет утвердить дизайн-макет, сделанный по этому прототипу. К примеру, использование в прототипе синих кнопок с тенью может натолкнуть вашего клиента на утверждение этих форм. Стилизация — чисто дизайнерская задача, способствующая формированию общего настроения, помогающая расставлять на странице акценты и держать содержание в эстетической гармонии. В прототипах эти задачи не решаются.