How to Process Microarrays Gene Expression Dataset From National Center of Biotechnology Information (NCBI) for Analysis
What is Bioinformatics ?
Apa sih Bioinformatika itu ? mungkin dari bahasanya kalian akan menterjemahkannya menjadi disiplin ilmu pengetahuan Biologi dan Informatika. Menurut Fredj Tekaia dari Institut Pasteur, Bioinformatika adalah ilmu yang menggabungkan beberapa disipin ilmu yang mengaplikasikan metode Statistika, Matematika, dan Computer Science yang bertujuan untuk menyelesaikan masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan Asam Amino dan informasi yang terkait dengannya.
Salah satu jenis data yang digunakan dalam analisis bioinformatika adalah data microarrays berisi sampel ekspresi gen yang dapat berjumlah ratusan ribu. Microarrays merupakan suatu chip atau slide mikroskop yang berisi rangkaian sampel jaringan, protein, RNA, dan DNA yang memungkinkan untuk membandingkan ekspresi gen antara sel yang normal dan sel berpenyakit (Yang, Zhou, & Zomaya, 2016).
Teknologi microarrayas pada bidang bioinformatika memiliki manfaat untuk mengidentifikasi perubahan gen yang memainkan peran pada suatu penyakit salah satunya kanker dan menemukan biomarker terbaru untuk diagnosis klinis (Slonim, 2002) serta berguna untuk pengembangan biomarker jaringan dan pengobatan (Wu, Rice, & Wang, 2012).
Gimana cara mengolah data Microarrays ?
Setelah sedikit mengetahui pengertian dari Bioinformatika, sekarang bagaimana caranya mengolah data set Bioinformatika yang berbentuk teknologi Microarrays ini ?
Data Microarrays berbetuk chip, untuk mendapatkan tingkat ekspresi data tesebut akan dianalisis terlebih dahulu dengan cara setiap titik pada array akan diidentifikasi, diukur intensitasnya, dan dibandingkan dengan latar belakangnya hinga menghasilkan data berbentuk matriks gene expression yang merupakan hasil dari analisa, sehingga diperlukan cara tertentu untuk menginput data hingga data siap untuk di analisis, terdapat 6 langkah utuk mengolah data set Microarrays yang berasal dari website National Center of Bioitechnology Information (NCBI) :
1. Mencari dan Input data
2. Membaca data
3. Pre Processing
4. Filtering
5. Future Selection
6. Analysis
Bagaimana, sudah mulai paham apa itu Bioinformatika ? silahkan untuk dieksplore lebih dalam yaa, sekian dulu untuk materinya, selanjutnya akan membahas tentang Find and Input Microarrays Data …
