Buenas. El tema de MAME puede ser algo confuso tanto aquí como para cualquier otro sistema. Te recomiendo que eches un vistazo al wiki de RetroPie, concretamente a la sección de MAME (https://github.com/RetroPie/RetroPie-Setup/wiki/MAME), donde explica bastante bien las diferencias y soluciones que pueden surgir entre los distintos emuladores de MAME.