R.swiftとSwiftGenのcode-frequencyを比較してみるとSwiftGenのほうが数段活発に見えます。
https://github.com/mac-cain13/R.swift/graphs/code-frequency
https://github.com/SwiftGen/SwiftGen/graphs/code-frequency

また、R.swiftはすべてのリソースが単一の構造体に含められてしまうので、再ビルドが走りやすい等の難点がありますね。その点SwiftGenはリソースが分かれており、ジェネレートするリソース種別を取捨選択できるのが強みです。
…といいつつSwiftGenの使用経験はないのですが、次に自分でアプリを作る時にはSwiftGenを選択しようと思っています。