Cancer mutation signatures, DNA damage mechanisms, and potential clinical implications — 2013

【一言まとめ】変異シグネチャーの推定結果が医学的な治療や、診断に対し有用なバイオマーカーになり得るということを示唆した。

【著者】Reuben S Harris

【所属機関】Department of Biochemistry, Molecular Biology and Biophysics, University of Minnesota

【URL】http://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/gm490

【Abstract】
Knowledge of cancer genomic DNA sequences has created unprecedented opportunities for mutation studies. Computational analyses have begun to decipher mutational signatures that identify underlying causes. A recent analysis encompassing 30 cancer types reported 20 distinct mutation signatures, resulting from ultraviolet light, deficiencies in DNA replication and repair, and unexpectedly large contributions from both spontaneous and APOBEC-catalyzed DNA cytosine deamination. Mutational signatures have the potential to become diagnostic, prognostic, and therapeutic biomarkers as well as factors in therapy development.

【Abstract翻訳】
がんゲノムDNA配列の知識は、突然変異研究のための前例のない機会を作り出しました。 計算分析は根本的な原因を特定する突然変異の署名を解読し始めました。 最近の分析では、紫外光、DNA複製および修復の欠損、および自発的およびAPOBEC触媒によるDNAシトシン脱アミノ化の両方からの予期せぬ大きな寄与に起因する20の異なる突然変異シグネチャーが報告されている。 突然変異のサインは、診断発症、予後診断および治療的バイオマーカー、ならびに治療開発における因子になる可能性がある。

【どんなもの？】
変異シグネチャーの推定結果が医学的な治療や、診断に対し有用なバイオマーカーになり得るということを示唆する内容。

【先行研究と比べてどこがすごい？】
多くの研究ではドライバー変異が140特定されたが大多数はパッセンジャー変異。

【技術や手法のキモはどこ？】
・それぞれのサンプルへ寄与するMSは２個程度？

・外因性まとめ：紫外線はジピリミジン配列でC>T。タバコはG>T。テモゾロミドは非CpGでG>A。

・内因性まとめ：脱アミノ化はCpGでC>U,C>T、年齢と相関。酸化の影響は未知。マイクロサテライト不安定性はC>T。修復系では様々、proofleadingでC>A。APOBECはTC配列でC>T,C>G。

【どうやって有効だと検証した？】

【議論はある？】
サンプルに関する情報を元に原因を特定することができるため、疫学的、病理学的に有用な情報を取り出せる。そこから薬剤のデザインもできる。

【次に読むべき論文は？】

【手法詳細】

【関連リンク】