Como calcular o índice de diversidade de Shannon no R
O índice de Shannon (ou índice de Shannon-Weaver) é um dos principais índices utilizados para mensurar a diversidade de espécies em um banco de dados. O R possui uma série de pacotes para calcular índices de diversidade e outras funções para trabalhos com ecologia de comunidades, como o pacote Vegan de autoria de Jari Oksanen (a documentação pode ser encontrada aqui).
Instalando e carregando o pacote Vegan
Para instalar e carregar o pacote:
Os dados utilizados para o exemplo estão disponíveis no próprio banco de dados do pacote:
Índice de Shannon
O índice de diversidade de Shannon (H) é calculado da seguinte maneira¹:
onde pi é a proporção de espécies i, S é o número de espécies e b é a base do logaritmo.
¹Hill, M. O. (1973). “Diversity and evenness: a unifying notation and its consequences.” Ecology 54: 427– 473
Calculando
No R:
A função diversity do pacote Vegan encontra a diversidade para todos os locais amostrados. Entretanto, o Vegan não possui uma função para calcular a uniformidade (equitabilidade) de Pielou. Essa função deverá ser calculada manualmente:
De acordo com o Índice de Diversidade de Shannon, a parcela #20 possui o maior valor de diversidade, enquanto a parcela #35 apresentou o menor valor. Quando a uniformidade (equitabilidade) de Pielou foi considerada, o maior índice foi na parcela #42, enquanto o menor valor também foi na parcela #35.
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