“Dans les cas d’infections graves, un bon microbiome vaut mieux qu’une mauvaise boite de Petri”. Patrick Merel, Portable Genomics, San Diego

“Vous pensez qu’homo sapiens qui a été bricolé par Dame Nature de bric et de broc est le summum de la création ? Ah ces élites 1.0”. Sur le mur Facebook de Jean-Michel Billaut, notre blogueur national et spécialiste de l’économie du numérique, cela parle des avancées foudroyantes de la Chine en matière de médecine du futur :
“Les Chinois débarquent … dans la e-santé… et le médical ...
On le sentait venir depuis quelques temps … Toujours un peu compliqué de savoir ce qui se passe en Chine, avec la barrière de la langue. Mais en suivant les sites en anglais ... Les Chinois ne sont plus ceux qui copient ce que font les Occidentaux. Ils inventent ... pour chez eux, et pour le reste du monde. On connaissait le BGI (Beijing Genomic Institute) qui, depuis sa création par Jun Wang en 1999, a acheté à Illumina (startup américaine) des dizaines de séquenceurs “haute vitesse”. Ils séquencent tout : les légumes, les animaux, les humains malades et bien portants, etc. Ils ne se gênent pas non plus, quand ils trouvent un ADN correct sur de vieux nonos d’Etres Humains anciens ou d’animaux préhistoriques, de le séquencer.. Qu’en font ils ? Ben, on ne sait pas très bien. On connaissait aussi iCarbonX, (créé aussi par Juan Wang) première startup e-santé “licorne” mondiale, évaluée à plus d’un milliard de $, 9 mois après sa création. iCarbonX ne mégote pas : il veut gérer la santé de pas moins de 100 millions d’Etres Humains, en mode curatif et probablement aussi en mode prédictif. En s’appuyant sur le BATX (Baïdu, Alibaba, Tencent, Xiaomi). Tout cela piloté par le gouvernement chinois. Si a priori le BGI reste en Chine, iCarbonX lui s’intéresse au Monde (et donc à la France — où d’ailleurs il n’est pas très connu même par nos mandarins et autres hauts fonctionnaires, et naturellement politiciens). iCarbonX vient de s’installer aux USA (Seattle), et en Europe et en Afrique. En fait à Malte pour avoir facilement un pied sur les 2 continents. Et son centre R&D est en Israël.
Toujours dans ces domaines, voilà maintenant Hinacom. Cette entreprise chinoise (ce n’est plus exactement une startup) se focalise sur la gestion de l’imagerie médicale. Avec intelligence artificielle. Et naturellement en cloud/Saas. L’imagerie médicale est l’un des piliers de la médecine, probablement le plus important actuellement. Pour voir ce qui se passe dans votre corps si vous êtes malades, il faut des images venant de différentes modalités : radiologie traditionnelle, mais aussi ultrasons, IRM, etc.
Le marché s’est organisé par modalités. Au départ, avec un ordinateur équipé d’un logiciel d’analyse (un par modalités). Un par hôpital en principe (plus de 1.000 hôpitaux publics en France). Puis, on est arrivé au serveur d’hôpital, etc. Maintenant Hinacom pousse le bouchon plus loin. Un cloud multi-modalités 3D. Avec analyse des images à distance par des experts. Avec IA, ce qui permet de repérer automatiquement, par exemple sur une radio de poumons, les cellules cancéreuses.
Donc Hinacom sera représenté en France et en Europe par un jeune français qui a vécu 8 ans en Chine, parle le chinois (et a pris femme dans l’Empire du Milieu). Son nom : Damien Legave. J’ai fait une visio avec lui vendredi dernier. Il m’a expliqué la mécanique, le business model, etc. Impressionnant. Nous avons convenu de réaliser un Billautshow à la rentrée.
Je lui ai conseillé de prendre contact avec le gouvernement estonien, qui assure depuis le 1er juillet dernier la Présidence de l’Europe (en plus les Estoniens ont un dossier médical personnalisé ou DMP dans leur x-road — alors que nous en France ...) et 2 ou 3 autres startups de ma connaissance, qui sont dans des domaines qui pourraient s’agréger au système de gestion d’imagerie chinois. Et quelques mutuelles de santé évoluées.
Quelques réflexions …
1/ Comment vont s’interpénétrer les outils d’imagerie et ceux du séquençage génomique, qui tous deux, reposent sur des clouds différents ? Y aura-t-il un seul énorme cloud pour réduire les coûts ?
2/ Comment les Etres Humains à terme vont récupérer leurs données de santé ? Chez Hinacom, vous récupérez vos images et leur analyse sur votre smartphone — sans autre forme de procès.
3/ IBM a racheté une société d’imagerie (Merger Healthcare) et dispose aujourd’hui d’un stock de millions d’images qu’il fait analyser par son Watson. Et a annoncé en 2016 une collaboration mondiale avec des tas de sociétés, d’universités. Concurrent frontal des Chinois ?
4/ Face à tout cela les GAFA américains ne vont pas rester de marbre pour aborder le plus important marché de tous les temps : notre santé. Amazon a annoncé son arrivée. Apple est déjà bien parti … Facebook veut éradiquer toutes les maladies à la fin de ce siècle, etc.
5/ Bref USA versus Chine. Au milieu, l’Europe : ce ventre numérique mou du Monde. C’est une honte. On aurait tout ce qu’il faut chez nous ; sous l’égide des Estoniens on pourrait … Surtout pas de nos mandarins, SSII, 1.0 et autres hauts fonctionnaires (chez nous, on en est encore au fax chez certains).
Enfin. Je pense que mes petits enfants, même s’ils restent en France, pourront faire suivre leur santé on line soit par une plateforme américaine soit chinoise ... Pour 10$/mois ? Car la concurrence sera rude. Donc baisse des prix ... Cela ne sera pas réservé aux riches comme certains le pensent.
6/ Les élites françaises pensent (à tort) que nos réglementations alambiquées, telles une ligne Maginot, empêcheront les estrangers de venir polluer la santé de nos braves Gaulois et le marché de nos mandarins 1.0 ... Ce qui prendrait nos élites à revers ... Mais nos milleniums et notre génération Z se sont pas bêtes ... Leurs parents ont adopté le commerce électronique, et les réseaux sociaux. Leurs petits enfants adopteront la e-santé américaine ou chinoise (d’autant plus que la disruption des langues démarre).
Toujours en Chine, Wuxi vient de racheter une startup génomique islandaise (hé oui, même les islandais !) qui ont créés une biobanque avec 100.000 Islandais (soit le tiers de la population) qui ont mis leur génome complet dans cette biobanque. Ils ont donc fait un selfie national génomique. On n’en n’est pas là en Gaule. Wuxi devient Wuxinextcode.” Mais ne désespérons pas. Xavier Duportet, microbiologiste diplômé du MIT, ambassadeur de Hello Tomorrow, co-fondateur d’Eligo Bioscience — startup issue d’une collaboration entre l’Institut Pasteur et le MIT, et mettant au point les antibiotiques intelligents de demain — a annoncé … qu’il allait faire une annonce à la rentrée …
Les antibiotiques intelligents me ramènent à la photo en tête de cet article. Mon oncle, retraité du corps médical, son coma, son infection résistante aux antibiotiques, le séquençage de microbiome pulmonaire, sa sortie de coma, et mon speech aux équipes médicales. Les chirurgiens sont des spécialistes des organes. Ils en savent peu sur les infections menaçant d’emporter leurs patients “faisant des complications” en post-op. Vous voulez disrupter les assurances ? Assurez-vous d’avoir de votre côté les chirurgiens, ces ancêtres de l’Intelligence Artificielle et même, faites comme si cette initiative venait des chirurgiens eux-mêmes. Et tant que vous y êtes, formez toubibs, infirmières et assureurs à toute cette nouvelle sauce de “Precision Medicine”. D’ailleurs, formez tout ce qui bouge (y compris ma pomme). Bravo, vous êtes devenu évangéliste et pouvez désormais travailler chez Illumina, grosse boîte de génomique à San Diego. C’est d’ailleurs plus ou moins le job du biologiste français Patrick Merel, de la société Portable Genomics.
20 mai 2017. On m’annonce que mon oncle de 80 ans, chirurgien à la retraite, est dans un coma artificiel, suite à une opération de la hanche. On soupçonne une nécrose du colon. 19 jours plus tard, mon oncle sort du coma, le colon totalement nécrosé a été enlevé, il a à présent une “poche” qui prend le rôle de l’anus et des sphincters. Le colon est fragile, contrairement à l’intestin grêle qui est plus résistant. Les vaisseaux sanguins du colon sont peu nombreux et en cas de trouble de la circulation sanguine (sang venant stagner au niveau du colon), celui-ci se nécrosera plus vite que l’intestin grêle. Le colon est un véritable compacteur de matières fécales. Sans lui, ces matières sont plus liquides. Suite à l’opération de la hanche (qui s’est bien déroulée), il y a dû y avoir un peu d’épanchement de sang que le colon de mon oncle, sans doute déjà fragilisé (on ne sait pas trop) a mal supporté. C’est une complication rare, survenant beaucoup plus fréquemment lors d’interventions en chirurgie cardiaque (ou cardio-pulmonaire) dite lourde, mais pas pour les opérations de la hanche, où cela saigne peu. Mais on m’explique, toujours en service de réanimation à l’hôpital européen George Pompidou, que tout cela ne pose pas de gros problèmes. Ce qui donne du fil à retordre, c’est l’infection pulmonaire. Résultat des courses : le pronostic vital est toujours réservé.
Il faut savoir qu’une infection pulmonaire résistante peut tuer en quelques jours, surtout une personne âgée fragile qui se réveille d’un coma de plus de deux semaines suite à complications en post-opératoire (opération de la hanche ; au réveil, on découvre un colon nécrosé), et à qui on a enlevé le colon et une partie de l’intestin grêle, plus deux AVC dans un passé récent, qui font qu’il est sous anti-coagulants. C’est là qu’un biologiste bordelais ayant sa startup, Portable Genomics à San Diego, vient à mon secours.
“En cas de problème d’infection pulmonaire, il y a un protocole récent basé sur la génomique qui consiste à envoyer à un labo (Pasteur, Lyon, Rennes, Lille) des échantillons pour qu’ils analysent l’ADN des bactéries pour déterminer à quoi elles sont résistantes ou sensibles. Est-ce que vous savez si cela a été fait par l’Hôpital Européen Georges Pompidou ? (car eux n’ont probablement pas le laboratoire pour le faire).
L’examen en question s’appelle : le microbiome pulmonaire, qui aurait révélé quelles bactéries étaient présentes dans ses poumons, et quels gènes de résistance, pour un meilleur choix de l’antibiotique.
Le test de microbiome est un test de séquençage ADN (génétique) de l’ensemble des bestioles qui vivent dans notre estomac ou bien dans nos poumons (ou encore tractus génital, surface de la peau, bouche, oreilles, etc). Cela sort des séquences ADN en paquet, et là-dedans, on est capable de retrouver celles qui appartiennent aux bactéries, et lesquelles, celles des champignons, et celles des virus.
Quand on identifie comme ça les bactéries, on peut ensuite, dans un deuxième round bioinformatique, rechercher les gènes de résistance aux antibiotiques connus chez ces bactéries. Oui ça existe les bactéries résistantes, elles s’adaptent. Et donc, choisir en fonction, le bon antibiotique. A noter que ce test de microbiome identifie des bactéries qui sont difficiles à cultiver, et que la microbiologie traditionnelle ne peut pas identifier.
Donc dans les cas d’infections graves, un bon microbiome vaut mieux qu’une mauvaise boite de Petri.”
Mon cousin parisien, dentiste, coordonne les échanges entre le biologiste et les médecins urgentistes de Georges Pompidou. Je finis par avoir un texto :
“Hello a priori ils ont réalisé une sonde ADN-ARN en immédiat, puis culture, donc il ne doit pas y avoir de besoin supplémentaire. L’infection a par ailleurs l’air de bien régresser.” Le patient se porte beaucoup mieux. Puis, sur ma demande, explications de mon ami biologiste bordelais :
“De ce que je comprends, ils ont du faire un test moléculaire (hybridation moléculaire) pour détecter les bactéries non cultivables. On utilise des fragments d’ADN complémentaire (sondes) à ceux desdites bactéries pour aller à la pêche. Pour identifier les bactéries, on recherche souvent à identifier leur ARN16S. Dans ce cas de recherche par hybridation moléculaire, on emploie alors des sondes ARN.
Meme si c’est moins complet qu’un microbiome, c’est pas mal, quand on n’a pas accès à du NGS (next generation sequencing = les nouvelles méthodes de séquençage du génome).”
Il ajoute : “Je devrai faire traducteur de jargon moléculaire.”
Le Dr. Tillon, en consultation au service de chirurgie digestive à l’hôpital Européen George Pompidou, confirme que mon oncle avait 20% de chances de s’en tirer. Ce test de microbiome pulmonaire a donc été salutaire (rime avec jargon moléculaire). Merci à mon traducteur et au service de réanimation de l’hôpital européen George Pompidou. Finalement, apprendre la microbiologie grâce aux cours en ligne gratuits (MOOCs) du MIT, sur la plateforme EdX, cela a du bon. Le Dr. Tillon suggère que je contacte l’Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (AP-HP) ainsi que les Instituts de Formation en Soins Infirmiers (IFSI) qui ont des budgets pour faire venir des intervenants extérieurs. Les pros des organes devraient côtoyer plus souvent les pros de la microbiologie, cela pourrait sauver des vies.
Vous voulez disrupter les assurances ? Assurez-vous d’avoir de votre côté les chirurgiens, ces ancêtres de l’Intelligence Artificielle et même, faites comme si cette initiative venait des chirurgiens eux-mêmes. Et tant que vous y êtes, formez toubibs, infirmières et assureurs à toute cette nouvelle sauce de “Precision Medicine”. Bravo, vous êtes devenu évangéliste et pouvez désormais travailler chez Illumina, grosse boîte de génomique à San Diego. C’est plus ou moins le job du biologiste français Patrick Merel, de la société Portable Genomics, d’après ce que je comprends.
Catherine Coste, certifiée MIT 7.00x, 7.28x (partie 1 & 2), QBWx (génomique et python).

