Baseline : modéliser l’incidence et la mortalité du cancer

Par Édouard Debonneuil , Augustin Terlinden & Peter-Mikhaël Richard

[Livre blanc | Partie II, Retour d’expérience 2]

Le projet Baseline vise à prédire l’incidence et la mortalité de divers cancers sur la base de facteurs de risque identifiés dans des données ouvertes de portée mondiale et de granularité régionale. Pourquoi le cancer et pourquoi les données agrégées ? Tout d’abord, les maladies liées au cancer sont mal comprises bien que responsables de millions de morts chaque année. De plus, les données de santé individuelles disponibles sont habituellement rares et les données agrégées sont sous-utilisées, les épidémiologistes leur reprochant, par exemple, les nombreux biais méthodologiques qu’elles peuvent apporter. Ainsi, notre vision était que la solution à un grand problème de société se trouve certainement sous nos yeux !

Dans une première étape, le projet souhaitait élaborer une grande base de données robuste pour la communauté scientifique. Nous avons collecté des données agrégées sur de nombreux sites publics, tels que les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), l’association Seintinelles, etc. Ensuite, en nous basant sur celles-ci, nous avons développé un modèle épidémiologique prédictif visant à extraire des tendances et des liens entre les variables. Ce modèle nous a permis d’investiguer divers facteurs de risque parmi lesquels : la consommation d’alcool, le chômage longue durée, la pression artérielle, le taux de cholestérol, l’âge du mariage pour les femmes ainsi que, pour les hommes, l’appartenance à un groupe ethnique spécifique. Enfin, nous souhaitions procéder à une étape de validation à partir de données individuelles et anonymes mais cela a dû être retardé puis finalement abandonné par contrainte de temps. Nous sommes cependant confiants qu’à terme, ces données serviront à guider la production d’un outil d’aide à la décision pour les médecins généralistes ou encore à conseiller des décideurs politiques sur les allocations budgétaires à réaliser dans certaines aires thérapeutiques.

Barbara Govin - CC BY NC ND

Le projet a attiré des profils aussi complémentaires que nombreux dont des professionnels de la santé (médecine générale, santé publique, oncologie, épidémiologie), des statisticiens (architectes de données, économistes et actuaires), des développeurs (Web, R / Python, machine learning et visualisation de données) et des professionnels de la communication. Tous ont eu leur place et leur chance de participer à ce projet ambitieux. Les enseignements en termes de gestion d’équipe ont été au rendez-vous. Encourager et motiver une équipe de cinquante personnes, en plus de leur activité principale, est un réel challenge. Nous profitons d’ailleurs de ce témoignage pour remercier tous les contributeurs qui nous ont aidés.


Auteurs :

DEBONNEUIL Edouard, Membre de l’équipe-projet Baseline : Consultant actuariel dans le secteur pharmaceutique.

RICHARD Peter-Mikhaël, Membre de l’équipe-projet Baseline : Chercheur en thèse dans le domaine de la cosmologie.

TERLINDEN Augustin, Membre de l’équipe-projet Baseline : Innovateur dans le domaine de la santé.

Retrouvez la version web du Livre blanc.

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