為什麼想寫這篇 ?
Galaxy 是一個基因流程平台,那他有分 online and offline,那為什麼想要寫本篇呢 ? 因為他跟 IGV tool 一樣複雜,另外 google 了一下,發現中文的資源超少,那就來當成筆記,順便跟大家 17 討論吧,本篇寫的是 offline 的安裝教步驟,一步步的跟大家做完 offline 的方法。
但本篇暫時不使用 docker 喔 ,而是用 virtualenv。
Step 0 Go to official website:
Step 1 Download galaxy:
因為 project 超大所以需要 clone 一段時間,目前用的版本是 19.09。
git clone -b release_19.09 https://github.com/galaxyproject/galaxy.git
Step 2 set up envirment:
我們需要建立一個虛擬環境,與真實環境隔離。
apt install virtualenv
virtualenv .venv
剛開始 config 的時間需又很久喔。
cd galaxy/
sh run.sh
好了以後可以輸入 http://localhost:8080 就可以看我們進入到 galaxy 平台了。
Step 4 修改 config 檔:
因為 galaxy 需要設定的東西真的有點小多,啊我的目的就只是為了快速用平台阿,在那邊盧真的很煩,又不是要玩系統,有時候多覺得還不如自己下 command 來的快。
cp config/galaxy.yml.sample config/galaxy.yml
step 4-1 改成區域網路都可以連:
vim config/galaxy.yml找到 http: 127.0.0.1:8080
改成 http: 0.0.0.0:8080
step 4–2 將帳戶改成最高權限:
vim config/galaxy.yml找到 admin_users: ''
改成 admin_users: 你的email@gmail.com
我的 admin_users: jackycsie@gmail.com
step 4–3 重新 run 1次:
sh run.sh
成功了 ,狀態列上也有 Admin 的選項。
step 5 下載工具 :
拿到了最高權限後我們來示範怎麼下載工具。
首先點 Admin > Install or Uninstall > 輸入 fastqc ,選擇你想要下載的 fastqc version 就可以囉。
成功。
Step 6 實驗使用 Fastqc :
選擇您要的 fastq 檔案,然後按執行。
執行完後我們會看到怎麼全部都是亂碼,因為我們並沒有將 fastqc 加入白名單,因此來跟大家介紹怎麼加入。
首先點 Admin > Manage whitelist>尋找 FastQC ,點選後按 submit 。
圖片都成功回來了。
結束
初步的介紹大概就是這樣,還是不懂明明應該要更容易使用的 GUI,卻把它說明文件卻搞得很複雜,好險做這個人的看不懂中文,不然他們關掉這個就少了一個好用的 GUI 了。
之後還會陸續增加覺得很煩的設定,讓大家盡量專注在 gene 研究的身上比較好。