本篇內容,主要介紹的是 Nextflow 如何透過 docker 安裝在自己的電腦中,並且提供一個快速簡單的範例,讓大家可以快速的學會如何建置 Nextflow。
我的環境是使用 Docker 作為虛擬環境,並在 container 中使用 nextflow, container 的環境是 ubuntu 18.04。
1. 建置一個 container
為了要確保環境是乾淨的,所以才必須得自己建立一個全新的環境。
而我的 Dockerfile 內容在下方。
在這當中最需要注意的是 default-jre 需要這個 package 才能夠執行 nextflow,因此要特別注意。
接下來 build images 以及 container。
docker build -t nextflow .
docker run --name jacky_nextflow -it [IMAGE-ID] bash
若是之後要改 container name。
docker rename jacky_nextflow nextflow_new_name
2. 測試 Nextflow
這邊快速的測試看看我們的環境是否能夠使用
docker run -it [container ID] bash
進入 container 後,建立一個檔案。
vim tutorial.nf
輸入下面程式
# 要用下述方法才可以,印出結果。
./nextflow run -process.echo true tutorial.nf# 若是使用下述方法,只會顯示跑完而已。
./nextflow run tutorial.nf
成功了 !!!
3. 結論
這篇文章,只提供最基礎的安裝環境教學,並未提供任何其他 Nextflow 的相關知識,在後續的幾篇文章中,將會提到 Nextflow 有哪些基礎架構框架,以及 Nextflow 主要的目的、功用,另外也會提到它 popular 的原因。