可視化 SimpleElastix 中 Parameter Map 的參數
Published in
Dec 28, 2019
在上一篇文章中了解到SimpleElastix能夠以簡潔的幾行程式碼完成影像對準的工作，但比較不直觀的是需將影像轉成SimpleElastix看得懂的形式，就是範例所示的nii檔。
不過其實也不用害怕，因為SimpleElastix本身就幫我們解決這個問題了！只需透過GetImageFromArray這項函式就能夠將Numpy array轉換成SimpleElastix可處理的形式。
回到正題，雖然完成影像對準的程式很簡單，但不是每次都能夠依靠預設的參數來達成目標，因此了解程式中可更改的參數是必須的。以前面的主程式為例，透過底下的程式碼我們就能夠了解到Parameter Map中到底有什麼參數可調整。(SimpleITK為1.2.0版本)
執行完後會跑出如下的結果
不過我也發現到自己跑出來的參數跟官方文件上提供的的確有些不同，也試過調整官方文件上的一些參數但是卻找不到，推測是在之後的更新中更改了某些參數。
關於參數的細節我覺得官方文件寫的滿清楚的，我就不說明了，也怕不完整。只是目前沒有說有一套標準流程可以直接套用，都是要針對問題選擇適當的參數，也就是俗稱的trial and error 。
Resources
[1] SimpleElastix Documentation
[2] Extracting the B-spline transform parameters #81 from GitHub
