À propos de l’immunisation : quelques définitions de base
À l’heure des discussions autour des tests sérologiques, de la diffusion de l’état actuel probable de l’immunisation des populations en France (6% selon l’institut Pasteur), et dans la perspective de la levée prochaine du confinement, il nous est apparu utile de définir quelques notions de base sur l’immunisation. Ces notions mettent d’autant plus en valeur l’apport de notre application CoVive pour lutter contre le Covid-19.
L’immunisation contre une infection virale est la production d’une immunité contre l’infection grâce à une vaccination réussie ou à une exposition au virus.
L’immunité à une infection virale est l’état de non-sensibilité à celle-ci du fait de la capacité d’un individu à produire des anticorps neutralisants lorsqu’il a été mis à l’épreuve du fait d’une exposition préalable ou d’une immunisation consécutive à une vaccination.
La vaccination contre une infection virale est l’administration d’un vaccin à un individu dans le but de l’immuniser ou de renforcer une immunité préexistante.
Le taux de reproduction de base
Le taux de reproduction de base R0 est le nombre moyen de personnes qu’un individu infecté va contaminer au sein d’une population où l’immunité est nulle (absence d’immunisation et de vaccin).
Si le R0 moyen dans la population est supérieur à 1, l’infection se propagera de manière exponentielle. Si le R0 est inférieur à 1, l’infection ne se répandra que lentement et finira par disparaître. Plus la valeur de R0 est élevée, plus l’épidémie progressera rapidement.
Plus la population est importante, plus les personnes sont sensibles, et plus le virus est infectieux, plus le R0 sera élevé pour un virus donné ; plus le taux de disparition des cas infectés est rapide, par rétablissement ou décès, plus le R0 sera faible.
Dans une épidémie avec un virus complètement nouveau, si les mesures sont effectuées suffisamment tôt, la valeur calculée est alors susceptible de se rapprocher de la valeur réelle de R0. Les estimations du R0 du CoV-2 du SRAS sont très variables. D’après une enquête portant sur 16 estimations publiées, l’estimation moyenne du R0 est de 2,6 (IC à 95 % = 1,85, 3,41). Le R0 a été estimé par l’institut Pasteur à 3,3 en France avant le confinement. L’estimation la plus péjorative publiée dans le monde est de l’ordre de 4,6.
Le taux de reproduction effective, Re
il est préférable de parler de la transmissibilité du virus au moment où elle est mesurée, en utilisant un symbole différent Re, le nombre de reproduction effective.
Re, parfois aussi appelé Rt, est le nombre moyen de personnes qu’un individu infecté va contaminer à un moment donné. Il change au fur et à mesure que la population est de plus en plus immunisée, soit par l’immunité individuelle suite à l’infection, soit par la vaccination, mais aussi au fur et à mesure que les gens meurent. Le comportement des personnes (par exemple, la distanciation physique) peut également avoir une incidence sur le Re.
Pour maîtriser le développement de l’épidémie, on considère que le Re doit rester inférieur à 1. Actuellement, le Re en France est estimé à 0,5 par l’Institut Pasteur en raison de l’application des mesures de confinement, de distanciation physique et d’hygiène. Il va donc être fondamental de maîtriser ce chiffre lors de la levée du confinement.
La maîtrise des voies de contamination sont déterminantes pour le contrôle du Re. On estime qu’il existe 4 circonstances de contamination :
- par des individus porteurs symptomatiques,
- par des individus porteurs présymptomatiques,
- par des individus porteurs asymptomatiques,
- environnementales.
La participation de ces différents modes dans la diffusion de la maladie est très spéculatif du fait du manque d’observation de cohortes. L’interprétation en reste précaire dans l’état actuel des connaissances et doit aussi tenir compte de la charge virale qui semble moins importante chez les non ou paucisymptomatiques avec une implication probable sur l’infectiosité. Une équipe de l’Université d’Oxford propose la distribution suivante de la participation au R0 selon les observations réalisées par différentes études comme l’observation de la contamination à bord du Diamond Princess, des relevés effectués en Chine et à Singapour et des modélisations mathématiques. Pour 100% du R0, la part des contaminations :
- par des individus porteurs symptomatiques = 38%
- par des individus porteurs présymptomatiques = 47%
- par des individus porteurs asymptomatiques = 10%
- environnementales = 6%
Malgré la fragilité de ces conclusions qu’il convient de prendre avec précaution, elles fournissent quelques considérations d’ensemble qui semblent corroborées par les observations. Par exemple, la contamination environnementale qui n’a jamais été vraiment mise en évidence, semble à l’heure actuelle relativement négligeable, et seule la désinfection des surfaces de contact multiples tels que les claviers de distributeurs, les barres dans les transports en commun, les rampes,… est préconisée. L’essentiel du risque semblerait donc porter sur les porteurs présymptomatiques et symptomatiques.
Immunité collective
L’immunité collective est une forme de protection contre une maladie infectieuse qui se manifeste lorsqu’une proportion suffisamment importante de la population est devenue immunisée, conférant une protection indirecte contre l’infection à des individus qui ne sont pas eux-mêmes immunisés.
R0 prédit l’étendue de l’immunisation dont une population a besoin pour obtenir une immunité collective, limiter la propagation de l’infection et protéger la population contre une infection future.
Cela signifie que pour nous protéger, une immunité collective d’environ 62% sera nécessaire, si l’on prend l’estimation moyenne du R0 à 2,6. Mais dans les hypothèses de R0 les plus élevés qui ont été évoquées (4,6), il faudra une immunité de 80%. En France, un taux proche de 70% avec un R0 estimé à 3,3 avant confinement devrait être plutôt notre cible (nous en serions actuellement à 6% selon la modélisation de l’Institut Pasteur…).
En savoir plus (en anglais) : “When will it be over?”: An introduction to viral reproduction numbers, R0 and Re — Centre for Evidence-Based Medicine / University of Oxford
En savoir plus : l’état de l’immunisation en France selon l’Institut Pasteur
En savoir plus (en anglais) : Quantifying SARS-CoV-2 transmission … — Science 31 Mar 2020. Note: nous avons retenu cette étude pour son apport sur la compréhension des mécanismes de contamination. L’interprétation reste très précaire et la conclusion ne reflète pas la vision de Medicus.
