Analise de sintenia com o Artemis Comparison Tool (ACT)

Olá pessoal! No post hoje trago um tutorial de análise de sintenia para genomas microbianos usando as ferramentas BLAST e o Artemis Comparison Tool (ACT) 😃

O que é sintenia?

A sintenia consiste na co-localização de grupos de genes em uma mesma região cromossômica identificada a partir da análise de dois ou mais genomas, da mesma espécie ou de espécies diferentes. Estas regiões, geralmente denominadas “blocos”, podem ser usada como base para a identificação de eventos alteração estrutural do genoma, como translocações, inversões, deleções, duplicações e inserções, e refletem o processo evolutivo dos organismos que estão sendo analisados.

Instalando dependências

Para este tutorial precisaremos dos programas blastn e act , que podem ser instalados no Ubuntu com o seguinte comando:

$ sudo apt install ncbi-blast+ artemis

Tutorial