Bioinformatas: David J. Lipman
Olá pessoal, nesta semana daremos continuidade a nossa série de posts intitulada “bioinformatas”. Hoje falaremos um pouco do trabalho de David Lipman um importante nome em bioinformática no campo dos bancos de dados e similaridade de sequências.
Biografia
David J. Lipman é um biólogo americano referência no campo da bioinformática e da biologia computacional. Formado pela Brown University, conquistou seu diploma de doutorado em medicina em 1980 na University at Buffalo, Universidade Estadual de Nova York. Lipman também atuou em diferentes áreas subjacentes da bioinformática, como genômica comparativa, evolução molecular e métodos de comparação de sequências.
Carreira
Lipman é conhecido por seu trabalho no desenvolvimento de uma série de algoritmos de similaridade de sequência, começando com o algoritmo de Wilbur-Lipman em 1983, seguidos por, FASTA search em 1985, BLAST em 1990, Gapped BLAST e PSI-BLAST em 1997. O software BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) com o passar dos anos veio a se tornar o programa de alinhamento de sequência mais utilizado e altamente citado (mais de 160 mil citações em 2021) no campo.
Foi o diretor fundador do National Center for Biotechnology Information (NCBI) que faz parte da National Institutes of Health’s, National Library of Medicine (NLM). Sob sua liderança o NCBI cresceu de menos de uma dúzia de pessoas para mais de 500 funcionários. Além disso, o NCBI agora é o “lar” de centenas de bancos de dados científicos e médicos, incluindo o GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq , PubChem e muitos mais.
Lipman, que dirigiu o NCBI de 1989 até 2017, foi o primeiro diretor, e não administrava apenas a organização. Ele também fez “a maior contribuição para o desenvolvimento desses algoritmos essenciais do software, contribuindo com muitas ideias e princípios altamente originais e únicos”, disse Eugene Koonin, pesquisador sênior do centro. Desta forma, ele teve um tremendo impacto na quantidade de dados biomédicos e informações de saúde que estão publicamente disponíveis para conduzir descobertas científicas ajudando cientistas a promoverem o desenvolvimento de produtos e serviços inovadores.
Após 24 anos, Lipman deixou o NCBI para se tornar diretor de ciência da Impossible Foods, empresa que desenvolve substitutos vegetais para produtos cárneos.
No ano de 2017, David Lipman e sua equipe foram finalistas do prêmio de ciência e meio ambiente “Sammies” (Samuel J. Heyman Service to America Medals) pelo trabalho com o GenBank, o maior repositório mundial de dados de sequência genética. Que neste período, auxiliou diversos trabalhos de inúmeros tipos de doenças infecciosas. “Eles são o Google genômico do mundo”, disse o Dr. Alex Greninger, residente em medicina laboratorial da Universidade de Washington.
“Estamos realmente à beira de uma transformação na forma como fazemos a vigilância de doenças infecciosas e a saúde pública em todo o mundo”, disse Lipman durante sua indicação ao prêmio. “Esta não é mais apenas uma ferramenta de pesquisa sobre doenças infecciosas, mas uma ferramenta para combatê-las.”
Lipman, foi também um dos criadores do Projeto de Sequenciamento do Genoma da Influenza, um projeto para sequenciar e disponibilizar os genomas de milhares de isolados do vírus da gripe.
Atualmente, além de seu cargo na Impossible Foods, Lipman contribui para a manutenção e melhoria do GenBank e publica anualmente um artigo sobre seu progresso. As melhorias incluem especificação de formato de dados, curadoria de dados, integração de informações de proteínas com sequências de DNA e literatura científica.
Prêmios e homenagens recebidas por David Lipman
