Montagem de novo de transcriptomas com Oases
Olá pessoal! Em posts anteriores mostrei como realizar a análise de RNA-Seq utilizando um genoma de referência, e também como montar um genoma microbiano utilizando a abordagem de novo (sem um genoma de referência). Neste tutorial mostro como realizar a montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de RNA-Seq, uma estratégia muito utilizada quando estamos trabalhando como organismos não-modelo e não temos um genoma disponível.
O processo de montagem de novo de transcriptomas é consideravelmente mais complexo que o de genomas, sobretudo pela variabilidade de cobertura em cada gene, resultado de diferença na expressão gênica, e também devido à eventos como splicing alternativo e duplicações gênicas. Entretanto, muitas vezes é a única alternativa, e programas como Trinity e Oases tendem a promover bons resultados para este tipo de trabalho. Neste tutorial mostrarei como utilizar o Oases para realizar a montagem de novo de transcriptomas 😃
Instalando dependências
Para este tutorial precisaremos instalar os pacotes git e sra-toolkit no Ubuntu. Para isso, podemos utilizar o comando:
$ sudo apt install git sra-toolkitTutorial
