用Graphviz產生Trial流程圖

Introduction

最近要報的seminar有點多，要整理不同的Trial。然而，要用google slide, powerpoint, keynote等簡報軟體畫出一張流程圖很麻煩，要花時間在排版、對齊、拉線，對於一份要包含20多個Trial的簡報來說，CP值太低。然而，去搬CCO、ESMO的Conference Slide，找到的圖不一定符合我們的需要，同時還要面對版權問題。因此找出有效率產圖方法非常重要。
#Method
Graphviz使用dot語法，最基本的graph { a-> b} ，就可以畫出一圖，由a點到b點。基他產生、形狀、線條、字體，都可以用語法表示。我只需要去調整每個節點 (node)的文字內容 (label)，就會自動幫我對齊、排版。

Result

例如其中一個node: (完整程式碼在最下面)

    control[label="
          CONTROL: Placebo
        | Carboplatin + Paclitaxel
        | Doxo/Epirubicin + Cyclophosphamide
        | {Q3W|4 + 4 cycles}
        " ]

這樣就會把一格畫好。我只需要把這個畫好的範本留存後，下次就可以快速修改內容生圖出來，你也可以請ChatGPT閱讀某篇Trial，請他照這個格式寫出程式碼。另外生成的svg檔，可以匯入ppt裡，展開成圖形做微調。

Discussion

類似Graphviz產生圖片的工具還有GNUPLOT、D3.js、Mermaid，選擇Graphviz是因為他在command line裡執行的效率最高，不像是Mermaid或D3.js需要很多其他的依賴。在command line中，可以做到更多自動化。
後續探索的方向，是用clinicaltrial gov 所提供的API來撈取所需要資料，只要 Identifier: NCTxxxxxxxx，就可以得到json response，然後可以依這個範本自動產生簡圖。

digraph {
  compound=true;
  graph [
    splines=ortho,
    nodesep=1
    rankdir="LR"
    // fontname="Arial",
    fontname="FiraSans-SemiBoldItalic"
    label="TITLE" //TODO: ___
    labelloc = "b"
    fontsize="24pt"
  ]
  node[
    color="#2d696a",
    penwidth=1.5,
    fontsize="18pt",
    shape=record,
    // fontname="FiraSans-Regular"
    fontname="Arial",
    ]
  edge[color=black, penwidth=2]
  background[
      color="white",
      fontsize="20pt",
      //TODO: Stratification ___
      label="Stratification by
      \nnodal status, tumor size,
      \ncarboplatin schedule"
      ]
  pupulation [
      fillcolor="#eefffaff",
      style="filled",
      // TODO: Population ___
      label="primary stage I-IIA/B TNBC
      | aged ≥18 yr
      | T1cN1-2 or T2-4N0-2 TNBC
      | ECOG PS 0/1
      | available for PD-L1 testing
      | (N = 1174)"
      ]
  method [
      shape=circle,
      fillcolor="#2d696a",
      penwidth=5,
      color = "#6c9a77",
      fontcolor="#ffffff",
      style="filled",
      fontsize="14pt",
      // TODO: Randomize ___
      label="🎲\n2:1"
      ]
  subgraph cluster_armA {
    label="Intervention Arm"
    labelloc = "t"
    color=white
    fontcolor="#2d696a"
    node[
      color=white,
      fillcolor="#2d696a:#6c9a77",
      style="filled",
      fontcolor="#ffffff",
    ]
    // TODO: Intervention arm ___
    intervention[label="
        💊 Pembrolizumab 200 mg IV
      | Carboplatin + Paclitaxel
      | Doxo/Epirubicin + Cyclophosphamide
      | {Q3W|4 + 4 cycles}
      " ]
    surgery1[label="Surgery"]
    intervention -> surgery1
  }
  subgraph cluster_armB {
    label="Control Arm"
    labelloc = "t"
    color=white
    fontcolor="#2d696a"
    node[
      color="#2d696a:#6c9a77",
      fillcolor=white,
      style="filled",
      fontcolor="#2d696a:#6c9a77",
      ]
    // TODO: Control Arm ___
    control[label="
          CONTROL: Placebo
        | Carboplatin + Paclitaxel
        | Doxo/Epirubicin + Cyclophosphamide
        | {Q3W|4 + 4 cycles}
        " ]
    surgery2[label="Surgery"]
    control -> surgery2
  }
  pupulation -> method
  method -> intervention [ltail=cluster_armA lhead=cluster_armA];
  method -> control [ltail=cluster_armB lhead=cluster_armB];
}