這起災難，成為雲林口湖與四湖地區的重要歷史記憶，當災後的重建塵埃落定，存活下來的居民為了祭祀在水災罹難的親人，各自發展出不同的祭祀文化。除了口湖地區的萬善爺信仰之外，每年的農曆初七、初八，附近地區皆會有類似的祭祀信仰，以宜梧地區為例，初七中午都會準備飯菜在家門口祭拜普渡。
飯擔祭魂
下寮萬善爺廟在三姓寮公墓之南，下寮仔聚落之北，由十四個鄰近村庄分別主導及參與祭祀活動（四湖鄉：林厝、林東、崙北、崙南、飛沙、飛東、三姓、廣溝、萡子、萡東、溪尾等十一村；口湖鄉：下崙、崙中、崙東三村）。此處雖沒有發展出牽水藏的祭儀，但早期因交通不便之故，居民會在農曆六月初七這天挑著放著貢品的飯擔步行來到萬善爺廟前拜拜，不知不覺中也形成了一種地方上的文化；而後因為產業道路的開發，大家漸漸的由交通工具取代飯擔，讓這飯擔祭祀的文化也消失近二十年，最後在民國九十六年又恢復了挑飯擔祭祀的文化。另外在這天晚上，居民們也會在此為萬人塚的小坵各點上一盞燈，形成一片燈海。
水藏結構
在口湖地區有這麼一句念謠：「海螺風，吹頭毛。野亡魂，哭天光。 金湖嬸，好心腸。 辦法會，牽水轤。」
在蚶仔寮開基萬善祠跟金湖萬善爺廟為了超渡水災死亡的先人，因而發展出大型牽水藏的儀式。「（車藏）」字為道教科儀書裡所用，也做「狀」或「藏」，這是道教為了牽引意外死亡的亡魂所運用的媒介，而藏有分兩種顏色，若要引渡血難（生產）而死之人則會糊上紅色的紙，溺死則是糊上白色的紙。
「水藏」是一種以竹箴編紮而成的圓圈桶狀物，並糊上白紙而成，高度約一公尺，中空且分為三層（上界、中界、下界）的圓桶狀物，每層皆糊有雲梯（梯子樣式）與各界神祇，中心會串上一支較長竹竿得以轉動，在藏身最上方插上三角旗，書寫亡者姓名。藏身意味一個大水池，透過轉動藏身，讓水中亡魂順著雲梯慢慢的從水中爬出，最後引渡西方，使其離苦得樂。
藏身三界中的神衹為：
上界（紅）：善財、良女、觀音、佛祖
中界（黃）：山神、土地、文判、武判
下界（綠）：牛頭、馬面、七爺、八爺
而隨著時代變遷，牽水藏儀式的喪葬氣氛已經淡化許多，水藏的白紙也漸漸衍伸出了許多花色，藏身上的姓名也從先靈替換成自己的姓名，意味著用悲憫的心態渡化還在水中受苦的水魂。
牽水藏科儀
牽水藏儀式為期兩天，每年都會在蚶仔寮和金湖兩地進行，大致可以分為以下幾個階段：
1.引靈就位
科儀開始前，萬善爺廟旁邊都會搭起道壇，並迎請萬善祠內的神像及香爐進道壇之中；神像代表鎮壇、鑒禮，由萬善爺公親自監督這場法會，香爐則代表所有水魂已位此同受超渡。當就位完畢，道長會為道壇兩旁的山神、土地以及祂們的座騎開光點眼，象徵神靈已在此執行鎮守道壇之任務。
2.發表奏文
道教舉行的法會，除了第一步請神安座之外，接著便是要稟報上蒼說明這場法會的旨意，並祈求上蒼庇佑。道長在此時會進行「無上金書拔度發表科儀」，也就是所謂的向上天發表奏文。
3.放水燈
在當天下午，通常是由鑼鼓陣開路，接著是道長、道士、挑牲醴、端水燈、插香、隨拜的人員依序步行到預定的碼頭。到達碼頭之後，道長們會在海岸邊設壇祭禱，居民們會將水燈抬至漁船上，最後再載到海上燃放水燈，讓水燈流向大海之中。放水燈的含意，便是邀請四方水中孤魂一同上岸接受隔天的普渡，而在民間信仰當中，這些孤魂接受普渡時也需要神明來管制。金湖萬善爺廟會在附近的龍台宮廣場旁建立一個翰林院，由龍台宮的主神玄天上帝作主，供上岸的水中亡魂借住一宿；而蚶仔寮開基萬善祠則會供奉紙紮大士爺之神位來維持整個科儀的秩序。
4.放赦
放赦也叫「走赦馬」，是喪事中常見到的科儀，其意在於向上天請旨為亡者略解在人世時所犯罪愆。儀式分為上下兩段，上段是負責誦唸「天寶放赦九龍科儀」，以及讀唱給陰間亡靈的各種表章和疏文；下半段則是先由道士扮演「招馴赦馬」的戲碼，描述由道士扮演的赦官如何招馴赦馬並取得上天放赦奏文的過程。最後會進行「趕路」的戲碼，道士們會拿著紙糊的赦官、赦馬、與奏文在道場中來回穿梭，代表赦官連夜趕路、翻山越嶺的將奏文送到陰曹地府。儀式完成後，焚燒赦官、赦馬、奏文，代表赦罪功成。
5.誦經禮懺
道長們會在此時分別誦念「慈悲赦罪寶懺」、「太上酆都岱嶽寶懺」以及進行「拔度功德道場科儀」，主旨意在於增加亡靈功德，藉以早日獲得解脫。
6.起藏、牽藏、點藏
口湖牽水藏是台灣規模最大的水難祭儀，經過時間的衍變，現在是將家家戶戶的水藏送到預定的場所，並用繩索逐一將水藏固定被排列成行，等待起藏之後，牽引之人會逐一用手摸狀，以象徵旋轉牽引。為了象徵意義及儀式的進行，因此廟方還是會另搭竹棚設立「公藏」（有串上竹竿並可以轉動）。
儀式開始時，會由廟方人員準備三牲、四果祭拜，由道長主持舉行「起狀」儀式，此時水藏底下會放數樣各具代表性的物品。
芭蕉：「蕉」的台語即招，有招魂之意，此物品是供水魂上岸時搭手用。
牛嘴籠（原用雞籠）：供水魂上岸的一個立足點。
公雞（報路雞）：用來預知水魂是否上岸，傳說當水魂上岸時公雞會啼叫。
水缽（內盛淡水，附有杓子）：供水魂上岸後洗手洗腳用。
竹椅：供水魂坐洗手腳時乘作用。
衣服、拖鞋或木屐：供水魂換穿，以便行路。
魂船：用紙摺成，渡遠地水魂上岸用。
掃帚：為水魂掃路清道好讓其上岸入村。
米篩或黑傘：供水魂遮天之用。
「雙腳踏雞籠，雙手扶蕉欉，起來換衫換褲，親像人。」這一段是牽水藏儀式中所念唱的一段咒語，讓沉淪在水中的亡靈早日從陰冷的水中脫出。
接著道長們會手持招魂幡以招引水魂，當道長拜誦科儀後，民眾們會繞著水藏牽引旋轉，道士在旁吹角成聲引魂，號召水魂儘速上岸。等到有體質比較敏感的民眾感應到水魂之後，會以比較激動的方式拔起水藏，並且會衝入排列好的水藏隊伍敲打水藏，即為「點藏」，象徵水魂脫離水中並做各路水魂的代表點收其他水藏之意。在點藏完之後，感應到水魂的民眾會再回到萬善爺廟裡向萬善爺公報告，若有其他事務交代也會在此時一併說明。
7.淨筵普施
水魂經過放水燈的招引及牽水藏的引渡，離水上岸後，由道長為水魂們執行「淨筵」、「普施」的科儀（也稱放燄口）。
相傳餓鬼道中的餓鬼，食量極大，喉管卻極細，有了食物也難以果腹，由於業報的關係，它們很難見到食物，就算得到了食物，入口之時，卻又變成了臭穢的膿血，從口裡邊吐出來都是火燄，這團火燄又臭又熱，它們常受餓火中燒，烈焰從口而出，故名「焰口」。而做此科儀的目的，就是要讓眾生受到平等的布施，不管業障多或少，在此皆受平等施食。
當經懺誦唸到一個段落時，道長便會撒米變糧，並不時灑擲糕餅、糖果、水果、硬幣等普施孤魂，送給陰間亡魂使用，不過現場早就有圍滿許多民眾等著道長出手，準備拿取這些象徵可以保平安的貢品，也算是為這兩天的活動注入一點歡樂的氣氛。
8.倒藏
在普施完畢之後，要進行倒藏和送孤，推倒水藏表示功德圓滿，也讓水魂們各自回去應該要回去的地方。道士會纏著紅色頭巾，一人持牛角吹號，並舞動七星劍；另一人則拿著捲成圓桶狀的草席，化身草龍，前後夾入紙錢，點燃後一路拍打，藉由拍擊地面的聲音，來象徵押送的動作，讓孤魂在完成儀式後可以儘速離去，不要再逗留人間。
9.謝壇送神（燒藏）
道教所有陰陽法事的最後一項科儀，目的是為了酬謝眾神明的相助讓法會能夠順利完成，此時廟方人員會將所有道壇上紙紮的祭器和水藏一起送至一處焚燒，也象徵整個牽水藏活動告一段落。
牽水藏不只是一種道教的儀式，更是當地人紀念先人的方法，歷史的傷痛深藏在口湖人心中，一百多年過去了，他們仍然抱持著悲憫的心態面對過去災難的記憶。
