/var/lib/mysql klasörünce yüzlerce mysql-bin.000xxx şeklinde dosya görüyorsanız bunlar log dosyalarıdır ve belirli periyotlarda temizlemek iyi olacaktır.
mysql -u root -p
mysql> flush logs;
/scripts/clear_orphaned_virtfs_mounts — clearall
yum install ncdu
ncdu //tüm dizinleri tarar