T-SNE MDS
Нашёл относительно свежий алгоритм для MDS (укладки многомерных данных в пространство с низкой размерностью), называется t-SNE. Из достоинств заявляется эффективность и качество работы. Вот пример прогона на датасете из 6000 рукописных цифр: