Форкнул репозиторий и исследовал проблему сравнения. Проблема оказалась не в библотеке, а в особенностях языка Dart. Дописал документацию и сделал тест: https://github.com/felangel/equatable/pull/11.
Нашел очень странное и понятное поведение в Dart. Я исплользую https://javiercbk.github.io/json_to_dart/ для кодогенерации при работе с Json и https://github.com/felangel/equatable как часть BLoC и для сравнения объектов и получаю в результате всегда true
true